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I want to plot procrustes rotations between to RDA-objects obtained by vegan with ggplot2.

I extracted the x,y coordinates from list of class "procrustes" and added a factor "dates".

Now the basic plot:

The part i cannot do is the plotting of small lines between each corresponding point in test and test.2 Vegan does plot these rotations with arrows rather than connected points. However, vegan does not khow to color according to sampling groups/factors, which is important for me. Having arrows in the ggplot would be extremely great - i know there is a geom_segment with the argument "arrow".

Could you help me?

the dput of pro.test is below.

我目前拥有多个湖泊的物种丰度数据以及这些湖泊的一些环境变量的测量值。我决定对 R 中的数据进行规范对应分析，正如 ter Braak 和 Verdenschot (1995) 所证明的那样，请参阅链接：  http ://link.springer.com/article/10.1007%2FBF00877430 （部分：“在重要性”）

我对 R 还不是很好，而且我没有访问文章中指定的软件（CANOCO）。我的问题是，为了逐步对环境变量的重要性进行排序，我必须获得 Lambda（这与 Wilk 的 Lambda 相同吗？）并在每个 CCA 约束轴上执行蒙特卡洛置换测试。 

有人知道我如何在 R 中做到这一点吗？我希望能够使用这种分析。

我想在素食主义者中使用函数 ordihull 为我的协调绘制组。但是，我有一些网站只有一次出现。使用 ordihull 此站点不会出现在图中。请参见下面的示例，当只有一个站点有 BF 作为管理时。我想要的是一个 BF 标签，其中一个剩余的 BF 管理站点位于协调图中。

我正在尝试从下面生成的表中绘制分组条形图。

到目前为止，我已经尝试了以下没有好的结果：

关键是将 se.obs 作为 S.obs 的标准误差，将 se.chao1 作为 S.chao1 的标准误差，并将它们绘制为分组条形图...

我在这里做错了什么？

我有一个网站矩阵。我想开发一个 UPGMA 凝聚集群。我想为此使用 R 和 vegan 库。我的矩阵有一些不是所有变量都被测量的位置。

遵循类似的数据矩阵：

我打算用下面的代码来做：

运行第二行后，出现此错误：

我不熟悉 R，所以我不确定这是否是由于单元格没有数据。我该如何解决这个问题？

如何使用均值 (S.obs) 和标准差 (se.obs) 与 vegan 或 R 中的任何其他软件包测试物种丰富度（下表）之间的差异？

先感谢您！安德烈

我正在尝试自定义在 Vegan R 包中执行的 CCA 图。我使用了底栖覆盖矩阵 (%) 与鱼类丰度矩阵（个体数量）来运行此分析。我在 2 年内收集了 4 个珊瑚礁的数据。我想让网站点以不同的颜色（用于珊瑚礁地点）和形状（年份），鱼类作为文字，底栖动物作为箭头。我几乎已经在 ggplot 中手动完成了，但是箭头长度似乎是错误的。将我的情节与“autoplot”和“plot.cca”生成的情节进行比较，我的箭头看起来太短了。我的问题是如何解决这个问题？

请从此链接复制“benthos”和“fish”数据框：http: //pedromeirelles.com.br/blog）。这些数字（ggvegan、cca.plot 和 ggplot）也可以在此链接中找到。我还不能在这里发布图片，而且数据框太大了。很抱歉给您带来不便。

非常感谢您提前。

在我用来绘制绘图的脚本下方。

ggplot 手动绘制

ggvegen 自动绘图

情节.cca

我找不到数据图输入的差异

我有一个巨大的丰度矩阵作为R中的data.frame（下面的示例），我想从中输出一个简单的表格，其中包含存在的物种数量（Otu00001，以及具有超过1个属性序列的Otus）和属性序列的数量（个人，该样本的每个 Otu 中的数字）每个样本（每一行，ALG(...)）。

之后，对下表 (SCIE_NAME) 中的样本（行名）进行平均。

这是包含样本对应类别的表格。

根据我的研究，没有直接的命令vegan，你能帮我吗？

我的想法是得到一张桌子，我得到这样的东西：

感谢所有的帮助！

安德烈

稀有曲线（）（）（vegan）是否接受绘图的标准误差？

如果是这样，我该如何绘制这样的曲线？

为此，我使用 BCI 数据集遵循经典脚本：

从统计上讲，促进一项功能对大多数vegan用户都有帮助。

谢谢！安德烈

我在社区数据上使用 vegan::rarecurve。

不幸的是，我遇到了一个错误，无法弄清楚如何解决它。

seq.default(1, tot[i], by = step) 中的错误：'by' 参数中的错误符号

我试过

无济于事。

我已经生成了一个 tabasco() 图并在数据框上执行了 Wisconsin 标准化，没有任何问题。