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我正在使用 vegan 包做一些分析和绘图，像这样

但我必须重复相同的情节，只改变变量 Cal.vul 所以我想做一个函数：

它给

如果我这样称呼它

它有效，但是物种的名称不正确，标记为“speName”而不是“Cal.vul”，我无法从函数内部获取名称，正确的方法是什么？

谢谢

我试图将一个简单的公式y~x应用于函数，在这种情况下adonis {vegan}，当在内部mapply但我得到Error: object of type 'symbol' is not subsettable。

我正在运行：mapply(adonis, formula=dist_list~group_list, data=group_list, SIMPLIFY=F)，其中 dist_list 是 dist 类中的距离矩阵列表，而 group_list 是因子列表。这同样适用于单个 dist 和 factor 对象。这也有效：mapply(betadisper, d = dist_list, group = group_list, SIMPLIFY=FALSE).

所以问题似乎出在使用formulainside mapply。我一直在尝试使用，substitute但最终还是遇到了同样的错误。

这是提供可重现示例的尝试：

任何解决此问题的指针将不胜感激，谢谢！

我正在尝试将 envfit 箭头覆盖到像这样的 NMDS 图表上（当我用假数字替换缺失值时）：

但是，对于我们的实际数据，它不会给出箭头，而是单独标记每个点，如下所示：

任何建议，将不胜感激。

数据：

我正在使用 vegan 包中的 adonis 函数来确定不同环境因素对不同地区森林植物群落组成的影响。我想首先使用 adonis 来消除区域效应，这是为了适合像这样的模型

其中社区是属于不同区域的森林斑块中物种的存在/不存在数据矩阵。

然后我想使用这个模型的残差作为其他一些分析的响应变量。我知道我可以使用地层将区域建模为块变量，但这对我不感兴趣，因为之后我想执行另一种分析，我希望消除区域效应。

我的问题是我无法弄清楚如何从 adonis 模型中获取残差值。

任何可以解决此问题的其他类型的多变量分析的提示都非常受欢迎。

所以帮助将不胜感激！

我已经完成了一个 CCA 图，其中显示了 7 个地点、大约 15 个物种和 6 个环境变量。但是，它是说不受约束的轴为 0，我无法对我的 CCA 结果完成方差分析，以了解轴的重要性。我还尝试使用该spenvcor函数来查看环境与物种的相关性，它给我的所有轴都是 1。

所以我肯定做错了什么，但我就是不知道是什么。这是我的代码：

我已经使用 vegan 包在 R 中进行了规范的对应分析，但我发现输出很难理解。三元图是可以理解的，但是我从摘要（cca）中得到的所有数字都让我感到困惑（因为我刚刚开始学习排序技术）我想知道 Y 中有多少方差可以解释为X（在这种情况下是环境变量）以及在这个模型中哪些自变量是重要的？

我的输出如下所示：

在所有这些数字中，哪一个对我的分析很重要？/安娜

我在 stats.stackexchange 中尝试了这个问题，有人建议我在这里尝试一下，所以这里是：

我已经用 VEGAN 包在 R 中完成了一些关于树木健康的生态数据的 PCA 分析。总共有 80 棵树（因此，80 个“地点”）分为四个处理类别。我已经用颜色编码点绘制了数据 - 根据治疗组的颜色。我不想在 PCA 双图上绘制单个站点/树，而是制作类似于盒须图的东西，它有四个“十字”，显示每个组的质心和两个 PCA 维度的 SE。我在论文中看到过这样的数字，但我似乎找不到这样的 R 脚本。有什么建议么？（我想在此处发布我正在寻找的示例图片，但我能找到的都是收费的，抱歉）。

我想另一种选择是只获取站点分数并手动查找方法和 SE 并创建我自己的情节，但如果可能的话，我宁愿为它找到一个脚本。

我一直在运行的代码非常简单：

我正在使用rarecurve( vegan) 为九个样本生成稀疏曲线，但我希望它们以三个为一组进行着色。

的参数rarecurve是：

将...参数传递给“情节”。但是，当我用 替换省略号时col=c(rep("blue",3), rep("red",3), rep("darkgreen",3))，所有行都显示为蓝色。如何单独为线条着色？

计算每张图需要将近三个小时，所以试错测试有点费力！

我正在使用 R 包“vegan”进行冗余分析。我想获得用于分析的 p 值（或 t 值），以评估我的预测变量的重要性。我可以使用 anova 函数生成 p 值，分别为每个 RDA 轴（轴）和每个预测变量（术语）：

但是，我真正需要的是每个 RDA 轴的每个预测变量的 p 值。所以像这样的表：

有谁知道如何以及是否有可能获得？任何帮助将非常感激！

“Betadisper”通过将原始距离减少到主坐标来计算对象与其组质心之间的非欧几里得距离。它是 Levene 方差同质性检验的多元模拟。http://cc.oulu.fi/~jarioksa/softhelp/vegan/html/betadisper.html

我的问题是，我想提取列表中每个样本点（对象）到质心的距离值，这相当于 Betadisper 中可用的箱线图所使用的数据。我怎么能那样做？

谢谢！