问题标签 [vegan]

我正在创建一个不同丰富度的数据框vegan。我遇到了 Pielou 的问题，因为我需要记录以前创建的“pumice.richness”数据来实现这个结果并得到以下错误：

我试图将其转换为向量，因为我认为 R 可能使用以下方法读取此数据作为一个因素：

但我无法在这里得到结果，也许这不是问题。

metaMDS()我已经使用“vegan”包对物种数据集进行了排序分析。我使用了多个维度，所以我认为在 3d 图中显示其中三个维度会很好。'vegan' 包有一些 3d 功能，但结果不是很清楚。它可以使用功能显示这个“蜘蛛”，orglspider()这有点不错，但仍然不是很清楚。我宁愿有类似“ordihull”的东西，但也不愿作为 3d 图。使用 'alphashape3d' 包我可以完成这项工作。它允许我完全按照我的需要绘制 3d 形状。问题是我需要在同一帧中绘制 3 个这些形状。我试过了"add=T"但这不起作用。我想我可能不得不改变调用第二个和第三个形状的方式，但我不知道该怎么做。这是我迄今为止尝试过的一个示例：

我有一个关于R 函数中的rarefaction方法的问题。specaccum

我有以下数据集

我正在尝试绘制一条曲线，其中 x 轴上的个体数量和 y 轴上的物种数量（在上面的示例中，这应该导致 75）。

我试图将其绘制如下：

但我什么也得不到。有人能帮我吗？

非常感谢

维克多 D。

我有一个带有一堆列的 df。每行代表每次采样行程中看到的一个物种。我想将其转换为矩阵或数据框，其中每一列是一个物种，每一行是一个采样行程。我想将其转换为使用纯函数进行分析。我基本上想要R中这个融化的data.frame的反面

原始格式

我想将其转换为如下所示：

我试图不使用 if 语句制作一些可怕的双重 for 循环，但如果那是我必须做的......

我有一个站点，其中有 69 种不同丰度的物种。我想绘制那个站点的物种积累曲线。但是 R 中的 specaccum 函数（素食包）需要多个站点。在进一步搜索中，我看到了稀疏方法，它给了我与之前相同的结果。并且似乎只为一个站点提供任何结果。有人可以指导我吗？

我正在使用 metaNMDS 来探索我正在使用的多元数据集。我已经通过一个有 6 个级别的感兴趣因素来限制数据集。排序是在布雷柯蒂斯相异矩阵上运行的，没有被自动转换，有 2 个维度（或轴），并且设置为最多运行 300 次迭代。椭圆基于 95% 的置信度并使用 SE。

NMDS 在大约 10-15 次迭代中求解，并且应力值差（15-18）还可以。当我用 ordiellipse 绘制数据以可视化哪些水平可能不同时，我惊讶于置信椭圆内实际上有多少数据。有人可以解释一下吗？这是否只是排序的产物，不能很好地拟合数据？没有捕获二维数据集中固有的变化？

有什么想法吗？我的声誉还不够高，无法发布情节图片，但如果我遇到一些问题，我可以发送一张。

我正在尝试在 Vegan 包中使用应用程序 oecosimu。

但我一直收到此错误消息：附加包：'bipartite'

以下对象被“package:vegan”屏蔽：

rowSums(x) 中的错误：“x”必须是至少二维数组调用：oecosimu -> nullmodel -> rowSums 执行停止

演示数据：

**第一列第一行为空。第一行是行名

有人遇到过这个问题吗？

谢谢！

我使用 7500 个站点、9 个物种和 5 个约束变量的 vegan 进行 CCA 分析。结果是 >

我不明白为什么没有不受约束或完全惯性？

我使用estimateR (vegan) 从 mothur 输出生成此表。但是，到目前为止，我无法继续这样做，因为我不知道如何从表格中绘图......

我希望我能更精通 R，但我正在努力执行两项任务：

（对不起，列表很大）

提前感谢您提供的任何帮助！

干杯! 安德烈

R 相对较新，并且是第一次发布，所以如果我的问题中缺少某些内容，我深表歉意。我正在使用 Vegan 的ordistep函数使用默认的“双向”方向方法进行变量选择。我使用 Hellinger 转换的 Species Abundance 数据框作为响应变量和 12 列自变量数据框。如果我多次运行相同的代码（如下），我似乎会得到不同的包含变量。我假设涉及 set.seed 无法约束的伪数生成器。有没有办法重现一致的结果？

谢谢你。