我正在尝试在 Vegan 包中使用应用程序 oecosimu。
library(sna)
library(permute)
library(lattice)
library(vegan)
library(bipartite)
bio<-read.csv("/home/vicar66/Raw_data/Jan12/98percents_April_16/otu_table/Chapter1/no_bloom_bio_data_L3.txt")
rownames(bio)<-bio[,1]
bio[,1]<-NULL
bio_m<-as.matrix(bio)
a<-oecosimu(bio_m,bipartite::C.score,"swap")
但我一直收到此错误消息:附加包:'bipartite'
以下对象被“package:vegan”屏蔽:
nullmodel
rowSums(x) 中的错误:“x”必须是至少二维数组调用:oecosimu -> nullmodel -> rowSums 执行停止
演示数据:
Ciliophora Dinoflagellates MALVs Choanoflagellida
DNAHIN5m 0.062469804 0.826323018 0.031084701 0.000323747
DNAHIN35m 0.045216826 0.595750636 0.187010719 0.000917053
DNAHIN150m 0.018434224 0.204865296 0.531016032 0.017009618
DNAHIN240m 0.016211333 0.889640227 0.04191846 0.03087407
**第一列第一行为空。第一行是行名
有人遇到过这个问题吗?
谢谢!