我对 R 比较陌生，我正在努力了解如何在 R 中进行排序技术，这样我就不需要使用其他软件。我正在尝试用环境因素代替物种的 PCA。由于我的场地在质量上有所不同（在土地利用方面），我希望能够在最终的地块中显示这种差异（使用不同的颜色）。因此，我使用了带有 vegan 包的 la Gavin Simpson 方法。到目前为止，一切都很好。这也是我用于此的代码：

当我尝试在排序图中为我的环境变量放置箭头时，问题就出现了。如果我使用 biplot 和 ordiplot 等其他功能。我将无法为我的两种类型的网站保留不同的颜色，因此我不想使用这些。如果我在这里使用命令：

我得到了很好的箭头，只有与我之前在代码中给出的环境变量（第 5 行）没有对齐（在某些情况下是完全相反的）。我试图更改缩放比例，但它们无法对齐。

有谁知道如何处理这个问题？

任何提示都会很有用。

我正在尝试使用渔业数据集构建物种累积曲线。使用 Vegan 等软件包可以轻松完成。但是，我想根据与常见类型（例如样本或样本个体）不同的努力类型（此处为钩子数量）构建曲线。我找不到改变努力类型的方法。有没有可以进行这种修改的包？

玩具数据集的一个例子。采样的物种和钩子的数量

I am using the vegdist() function in the R package vegan to generate an association matrix for a species abundance dataset (the association matrix produced is 936 by 936). I want to be able to export/extract/coerce this association matrix into a dataframe or format writeable as a .csv so that I can use it for subsequent analyses. I know you can use the output from vegdist() for things like ordination after, or visualize using heat maps (coldiss()), but in this case I want to actually be able to see and manipulate the raw association matrix.

Any ideas? I wasn't sure that sample data would really help in this case since it is such a large dataset.

我的问题位于一个循环中，我有一个大型数据集 (DF)，其中的一个子集如下所示：

我想随机选择，使用我的循环的每次迭代（所以， ）来自每个站点i的个人的所有行。ID但至关重要的是，每个站点只有一个 ID。我有一个单独的函数，它为我的大型数据集子集站点的数量，所以如果i=1只有上述站点之一（例如）将出现在子集中。

如果i=3，对于这个发布的示例，那么我想要 101 的所有行，以及 102、103 或 105 的所有行，以及 108 的所有行。

我认为应该这样ddply()做sample()，但我不能让它随机发生。

任何建议将不胜感激。谢谢

詹姆士

我正在使用包中的adonis函数vegan来确定几个不同因素之间社区（PCB 同源物）的差异差异。我还决定使用该simper功能来评估哪些社区成员对观察到的差异贡献最大。有没有办法在simper函数中包含多个因素？我adonis成功运行了如下所示的模型，但是该函数的相应代码simper不起作用。非常感谢。

我是生态学家，主要使用纯素 R 包。

我有 2 个矩阵（样本 x 丰度）（见下面的数据）：

矩阵 1/ nrow= 6replicates*24sites, ncol=15 物种丰度（鱼） 矩阵 2/ nrow= 3replicates*24sites, ncol=10 物种丰度（无脊椎动物）

两个矩阵中的位点相同。我想获得成对站点之间的整体布雷柯蒂斯差异（考虑两个矩阵）。我看到 2 个选项：

选项 1，对重复（在站点规模）鱼类和大型无脊椎动物丰度进行平均，cbind 两个平均丰度矩阵（nrow=24sites，ncol=15+10 平均丰度）并计算 bray-curtis。

选项 2，对于每个组合，计算站点对之间的布雷-柯蒂斯相异度，计算站点质心之间的距离。然后对2个距离矩阵求和。

如果我不清楚，我在下面的 R 代码中做了这两个操作。

请您告诉我选项 2 是否正确且比选项 1 更合适。

先感谢您。

皮埃尔

下面是 R 代码示例

生成数据

选项 1，平均丰度和 cbind

选项 2，计算质心之间的每个组合距离并对 2 个距离矩阵求和

使用 Gavin Simpson 的 fuse() 对两个距离矩阵求和

总结两个欧几里得距离矩阵（感谢 Jari Oksanen 校正）

以及下面的“coord.centroid”，用于进一步基于距离的分析（是否正确？）

比较选项 1 和 2

我有几个月来 4 个地点的物种数据。我已经使用 R 中的包成功创建了累积图vegan，但我想在一张图上绘制所有 4 个站点。

起初，我有一个包含所有站点和月份的数据表，但是当我绘制specaccum结果时，结果是所有数据的累积曲线，无论站点如何。

因此，我将每个站点拆分为一个单独的数据表，然后将其加载到 R 中。在每个数据表中，第一行是物种名称，下面的每一行是一个月。

例如，我加载了我的一个站点“FMR”的数据。然后我做了以下事情：

我对我的其他网站做了同样的事情PP，, DUX, PM。如何将所有 4 行放在一个情节上？

我正在尝试针对一组环境变量（envvar）对饮食成分数据（prey.counts）进行规范对应分析。每行和每列的总和都大于 0，但我不断收到此错误消息：

我已经两次和三次检查了 prey.counts 数据框的 NA 或空列/行，并且它们的总和都没有为零或缺失值。R、RStudio 和所有软件包都是最新的。任何帮助，将不胜感激！

梅雷迪思

我有 2 两个相异矩阵。一个是在 111 个站点之间比较观察到的数据，另一个是使用空模型生成的。

我想使用adnois函数vegan来测试观察到的差异是否与空模型预期的差异显着。然而，阿多尼斯函数只会在公式的左侧采用一个相异矩阵。

有谁知道如何为这个测试建模？

谢谢

我想在 R 中使用 vegan 执行 rda。

我的代码如下所示：

我收到错误消息：

当我检查我的数据时，我得到：

我的数据集中没有 NA 或空白。但似乎物种数据集是问题所在。我用该物种编译了一个新的数据集，但我又遇到了同样的问题。有任何想法吗？