r - RDA，colMeans（x，na.rm = TRUE）中的错误：'x'必须是数字，当数据是数字时？

Question

我想在 R 中使用 vegan 执行 rda。

我的代码如下所示：

species<- read.delim("springspecies1.txt", header=T)
envdata<- read.delim("springenv1.txt", header=T)

RDA <- rda(species~Temperature + Salinity + O2 + Phosphate + Nitrate + Silica, envdata, scale=T, na.action=na.omit)

我收到错误消息：

Error in colMeans(x, na.rm = TRUE) : 'x' must be numeric

当我检查我的数据时，我得到：

sapply(species, mode)
      Station          Year         Month     S.marinoi      C.tripos 
    "numeric"     "numeric"     "numeric"     "numeric"     "numeric" 
      P.alata     P.seriata    R.setigera    C.pelagica D.confervacea 
    "numeric"     "numeric"     "numeric"     "numeric"     "numeric" 
  C.decipiens    P.farcimen       C.furca 
    "numeric"     "numeric"     "numeric"

我的数据集中没有 NA 或空白。但似乎物种数据集是问题所在。我用该物种编译了一个新的数据集，但我又遇到了同样的问题。有任何想法吗？

Answer 1

您应该使用“类”进行测试，而不是使用“模式”。您可能有一个因子列。它们是数字模式，但使用“is.numeric”测试 FALSE。