r - vegan::simper 中的多重比较选项

Question

我正在使用包中的adonis函数vegan来确定几个不同因素之间社区（PCB 同源物）的差异差异。我还决定使用该simper功能来评估哪些社区成员对观察到的差异贡献最大。有没有办法在simper函数中包含多个因素？我adonis成功运行了如下所示的模型，但是该函数的相应代码simper不起作用。非常感谢。

# Adonis model
pcbtest3 <- adonis(pcbcong ~ FISH_CLASS+REACH+BASIN,
                   data=pcbcov,
                   method="bray",
                   permutations=999
                   )
# pcbcong=matrix of community dissimilarities
# FISH_CLASS,REACH, BASIN are factors
# Simper
simp <- with(pcbcov, simper(pcbcong,(FISH_CLASS, BASIN, REACH)))

Answer 1

simper只能与一个分组变量一起使用。

一种解决方法是使用interaction()所有三个因素创建一个新的分组变量。

对此的解释会很尴尬（取决于你有多少因子水平），我不知道这是否有意义——所以要小心。