r - vegan package cca error: rowsum(X) must be >0: 缺少 TRUE/FALSE 的值

Question

我正在尝试针对一组环境变量（envvar）对饮食成分数据（prey.counts）进行规范对应分析。每行和每列的总和都大于 0，但我不断收到此错误消息：

diet <- cca(prey.counts, envvar$SL + envvar$Month + envvar$water.temp + 
            envvar$salinity + envvar$DO)

Error in if (any(rowSums(X) <= 0)) stop("All row sums must be >0 in the community data matrix") : 
  missing value where TRUE/FALSE needed

我已经两次和三次检查了 prey.counts 数据框的 NA 或空列/行，并且它们的总和都没有为零或缺失值。R、RStudio 和所有软件包都是最新的。任何帮助，将不胜感激！

梅雷迪思

Answer 1

问题是您如何调用该函数，您似乎混合了默认接口和公式接口（并在使用时滥用公式符号）。

这有帮助吗：

diet <- cca(prey.counts ~ SL + Month + water.temp + salinity + DO, data = envvar)

或者，如果命名变量是 中唯一的变量envvar，您可以执行以下任一操作

diet <- cca(prey.counts ~ ., data = envvar)

或者

diet <- cca(prey.counts, envvar)

后者使用不太灵活但简单的default方法cca()。