问题标签 [vegan]

给定矩阵，

我想创建一个距离矩阵，其中包含每列每行之间的绝对平均差。例如，和之间的距离X1应该X3是= 1.67，因为：

abs(1 - 3) + abs(2-4) + abs(3-4) + abs(4-5) + abs(2-3) + abs(5-2) = 10 / 6 = 1.67

我尝试过以这种方式使用designdist()vegan 包中的函数：

第 1 列和第 3 列的结果距离为 0.666。这个函数的问题是它把每一列中的所有值相加，然后减去它们。但是我需要将每行之间的绝对差异（单独，绝对）相加，然后将其除以 N。

我正在制作一个 PCA，vegan{}并且我还想按因素标记我的点（而不是按它们的唯一行标识，这是 的默认值biplot.rda()）。对于我的 2D PCA，我使用了Gavin Simpson建议的方法。我想问问聪明的 R 社区是否有这种方法的 3D 版本来创建自定义标签的 PCA。这是适用于 2D PCA 的方法：

我已经ordirgl()在我的一台计算机上完成了这项工作，但是有一些 R 版本/OS 组合不能很好地与 rgl 配合使用（这对许多人来说似乎是一个问题），所以我希望能够两者的情节rgl()和ordiplot3d()

这会将点绘制到 3D 空间上，而不是 biplot.rda 的向量上（第一个问题——当我使用 rgl 时我也遇到了这个问题——我认为这些点是在普通biplot.rda()PCA 中绘制的向量的末端）。这对我来说不是很关心，但如果有人知道如何在 ordirgl 中绘制这些向量并标记它们，我想知道。更大的问题是，一旦制作完成，我很难向 ordiplot3d 添加点。理想情况下，这将类似于points(). 我在几个不同的问题线程中看到了这一点，但如果有一个不需要 rgl 的优雅解决方案会很好。

我已经使用vegan{}R 中的包为 Gower 相似性指数绘制了质心，并希望根据我的原始数据集中的因素对椭圆填充进行颜色编码。质心用于月-站点组合（这些是我要绘制的唯一质心；请参见下面的数据示例），但我想按月对椭圆进行颜色编码，然后在第二个图中按站点显示差异因素之间。目前，代码如下所示：

具有质心的 MDS 图如下所示：

我希望能够根据 a）站点和 b）季节（5 月与 9 月）对质心的填充进行颜色编码。我试过使用col=c("#0000ff22","#CAFF7022",...)，但这不起作用，因为椭圆的坐标在ord. 我也试过

使前半部分重心为一种颜色（前半部分都来自同一个月），但这会导致错误“cov.wt(X, W) 中的错误：'x' 必须仅包含有限值。” 帮助！谢谢。

数据如下所示：

我需要将通过将树状图切割成给定的相似性水平而生成的集群覆盖到排序结果（NMDS）上。我一直在浏览 ade4 和 vegan，但没有找到任何明显的解决方案。

我目前正在使用 Primer-e（见下面的屏幕截图），但我发现图形有点有限。非常感谢正确方向的任何一点。

如何更改 ordihull 中使用的边界线的粗细？

如何保存 MDS 对象以在下一次 R 会话中使用？因为 metaMDS() 函数使用了多次随机重启，所以每次都会产生略有不同的答案。我需要输出在多个 R 会话中保持一致。我该如何实现这一点？谢谢

我所指的排序对象类型的示例：

我尝试从vegan包中进行 CA 分析。

这是我使用的代码：

但是，我总是得到一个错误：

rowSums(X) 中的错误：“x”必须是数字

我知道标签是一个因素，如果我删除第一列，分析就会起作用。但随后分析创建了自己的标签，我不能使用我的标签。有没有办法让我自己的标签（plotA、plotB 等）包括在内？

我可以用 ggplot2 制作这样的情节吗？

基本上我正在寻找一种如何在箱线图下方绘制标记地毯的方法。

有什么提示或建议吗？

而不是我ggplot2用来创建 NMDS 图的普通绘图函数。我想使用包中的函数在 NMDS 图中显示ordiellipse()组vegan。

示例数据：

如何将 ordiellipse 添加到使用 创建的 NMDS 图中ggplot2？

Didzis Elferts 下面的回答效果很好。谢谢！但是，我现在有兴趣将以下 ordiellipse 绘制到使用以下命令创建的 NMDS 图ggplot2：

ordiellipse(sol, MyMeta$amt, display = "sites", kind = "se", conf = 0.95, label = T)

不幸的是，我对函数的工作原理不够了解，veganCovEllipse无法自己调整脚本。

我觉得这可能是一个愚蠢的问题，但我花了很长时间寻找答案，但似乎找不到答案。甚至很难知道要搜索什么，所以如果在你知道的其他地方回答了这个问题，我只需要一个链接。

然而。我正在尝试使用 vegan 包在 R 中做一个简单的 CA，它工作正常。但是，我生成的图只显示了 60 个“站点”，而实际上我有 135 个。有谁知道为什么会发生这种情况？我需要能够显示所有的对象。我的代码如下

为了让您了解我的数据是什么样的：

数据是 5 种鱼类、135 个位置以及每个物种在单元格中每个位置的单位努力捕获量。当我绘图时，绘图中显示的位置不够多。