r - 在 r 的 vegan 中保存排序对象

Question

如何保存 MDS 对象以在下一次 R 会话中使用？因为 metaMDS() 函数使用了多次随机重启，所以每次都会产生略有不同的答案。我需要输出在多个 R 会话中保持一致。我该如何实现这一点？谢谢

我所指的排序对象类型的示例：

data(dune)
sol <- metaMDS(dune)
sol

Answer 1

@csgillespie 展示了如何使结果可metaMDS()重现。伪随机数生成器种子的设置应该在您使用metaMDS()或使用 R 或其他软件中的伪随机数生成器的任何其他功能时完成，否则您将无法重现结果。

但是，某些metaMDS()拟合可能会花费大量计算时间，因此将结果对象序列化到磁盘是一种选择。为此，您想要save()或saveRDS(). 两者的区别在于前者 ( save()) 保存了包括其名称在内的整个对象。saveRDS()仅序列化对象本身，而不是当前会话中的对象名称。

load()可用于恢复保存的对象save()。它将对象加载到当前会话中，并将覆盖具有相同名称的对象。readRDS()用于加载由 序列化的对象saveRDS()。

require("vegan")
## The recommended way of running NMDS (Minchin 1987)
##
data(dune)
## Global NMDS using monoMDS
## set the seed
set.seed(1)
sol <- metaMDS(dune)

save(sol, file = "my_sol.rda")
ls()
rm(sol)
load("my_sol.rda")
ls()

saveRDS(sol, file = "my_sol.rds")
ls()
sol2 <- readRDS("my_sol.rds")
ls()
all.equal(sol, sol2)

一些相关的输出是：

>     save(sol, file = "my_sol.rda")
>     ls()
[1] "dune" "sol" 
>     rm(sol)
>     load("my_sol.rda")
>     ls()
[1] "dune" "sol" 
> 
>     saveRDS(sol, file = "my_sol.rds")
>     ls()
[1] "dune" "sol" 
>     sol2 <- readRDS("my_sol.rds")
>     ls()
[1] "dune" "sol"  "sol2"
>     all.equal(sol, sol2)
[1] TRUE

Answer 2

当您想使用相同的随机数时，您需要设置随机数种子。例如，

##For some positive number
R> set.seed(1)
R> runif(1)
[1] 0.2655
R> set.seed(1)
R> runif(1)
[1] 0.2655

在您的示例中，只需set.seed在函数调用之前使用。