问题标签 [vegan]
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r - 使用 vegan 包中的 ordipointlabel 函数将标签斜体化
我试图弄清楚如何使用ordipointlabel()R 中 vegan 包中的函数生成斜体标签。我的观点代表物种，所以我希望科学名称用斜体表示。任何援助将不胜感激。
示例代码：
我在这里想念什么？
r - metaMDS 的绘图点
我会metaMDS使用不同的符号绘制点。我会将站点分类并将其绘制为具有不同符号的点。
我有 89 个站点，我会将它们分成 11 个组，然后绘制它。
你知道我该怎么做吗？
非常感谢。
r - vegan::ordispider 标签的位置
我正在使用素食主义者进行 DCA 任命。我想显示我的分组站点，但是当我使用 ordispider 时，组的标签相互隐藏。我怎样才能调整他们的位置？有可能以某种方式使用 orditkplot 吗？
r - 使用包 vegdist 在 R 中执行 NMDS 时出错
我正在尝试在 R 中使用 vegan 包在一个数据集上执行 NMDS，该数据集将图作为列，物种计数作为列。我的数据采用文本文件格式（制表符分隔）并包含大量“0”物种计数。但是，当我尝试创建距离矩阵时，我收到以下错误消息：
警告消息： 1：在 vegdist(data1, method = "bray") 中：您有空行：它们的不同之处在方法“bray”中可能毫无意义 2：在 vegdist(data1, method = "bray") 中：结果中缺少值
这使我无法执行 NMDS：
if (any(dist < -sqrt(.Machine$double.eps))) 中的错误警告（“一些差异是负面的——这是故意的吗？”）：需要 TRUE/FALSE 的缺失值另外：警告消息：1 ：在 distfun(comm, method = distance, ...) 中：您有空行：它们的不同之处在方法“bray”中可能毫无意义 2：在 distfun(comm, method = distance, ...) 中：结果中缺少值
我怎样才能解决这个问题？
谢谢您的回答！
r - 在 R vegan 包的 NMDS 图中包括箭头
我正在使用 vegan 包在 R 中绘制 NMDS 分析社区相似性。这是基于包含不同处理的社区矩阵：
谁能告诉我如何画箭头来显示个别物种对治疗的反应？
r - 缺失值 (NA) 导致 TRUE/FALSE 错误
在 RStudio、R 版本 3.0.1、Ubuntu 12.04 中运行分析。我使用 vegan 包 2.0-8 中的函数 envfit 将环境因素 (envW) 与分析 (MDSnsj) 相关联。我的环境数据集 (envW) 有很多缺失值。运行此简单命令时，我收到以下错误消息。我尝试将文本“NA”放在缺失的位置，但我收到相同的错误消息。
谁能向我解释错误消息的含义？和....有没有人知道我该如何解决这个问题？先感谢您
猜测要求什么
traceback()
MDSnsef<-envfit(MDSnsj, envW, perm=999, na.rm=TRUE)
调试： envfit(MDSnsj, envW, perm = 999, na.rm = TRUE)
调试： {
UseMethod("envfit")
}
r - 在 R 中将站点添加到 DCA
我使用下面的脚本创建了一个显示物种的去趋势对应分析 (DCA)，但我想将站点添加到其中。我知道我可以使用简单的脚本来做到这一点：plot(vare.dca)，但不知道在改进图形后如何做到这一点。我是 R 新手，如果这是一个非常简单的问题，我深表歉意。非常感谢您的帮助！
“错误”和“环境”的数据在这里：https ://gist.github.com/anonymous/dcf0fad859eb879014b2
r - 在 R 中使用 PCA 比较差异度量
我想比较几种不同度量（即 Bray-Curtis、Jaccard、Gower）的行为。我已经看到使用主成分双标图完成了这项工作（即参见下面的 Legendre 和 Caceres，2013）：
有什么建议可以解决这个问题吗？下面提供的示例数据：
arrays - “G * t(hat) 中的错误：不符合的数组”错误在 adonis()、Vegan 和 R 中
回答：任一列中的单个 NA 值都data.frame可能导致此错误。
我有一个相当令人沮丧的问题需要帮助。我正在尝试在 R 中运行 permanova，并且我正在使用adonis()Vegan 来执行此操作。我有一个按样本的物种data.frame，249 行 x 16 列（物种名称为column.names），以及一个单独data.frame的 249 行 x 3 列，包含我的环境协变量。我使用下面的代码来运行它，我得到了上面的错误。我在一些非常非常相似的数据上运行 adonis 没有问题，我不确定这次出了什么问题。
有什么建议么？万分感谢。
代码
样品头的物种（使用创建dput）
物理协变量头（使用创建dput）
r - 通过 ggplot2 为 NMDS 的椭圆添加特定的形状和线型
作为这个非常有用的问题和答案的后续行动：
我已经成功地在 ggplot 中为我的 NMDS 图覆盖了置信椭圆。我现在想指定绘图上数据点的颜色和形状，以及椭圆的颜色和线型，以区分我的四种处理方式。
NMD 在这里：
数据2在这里：
我试过的代码如下：
不幸的是，似乎只有点和椭圆的颜色有效——椭圆的线型和数据点的形状似乎没有改变。有没有人有关于如何解决这个问题的建议？
非常感谢！