问题标签 [vegan]

我正在尝试构建一个围绕包中的ordiR2step()函数的函数vegan。这个函数是基于step()函数的。

这是在函数之外完美运行的代码：

但是，如果我尝试将其包装成一个函数：

我收到以下错误：Error in eval(expr, envir, enclos) : object 'X' not found

我知道在尝试包装这些类型的函数时会出现一些问题，这些问题已经在 stackoverflow 和其他地方讨论过很多次，例如这里、这里和这里。但是，这些解决方案似乎都没有正常工作。

根据我对这种行为的理解，step()函数以及扩展的ordiR2step(), 无法从函数内定义的环境中读取，而只能从工作空间环境中读取，因为如果我X在调用函数之前定义，一切都会正常运行。然而这违背了目的，所以我尝试了一些建议的解决方案，例如：

同样的错误...没有骰子...有什么建议吗？谢谢你的时间！

我对 R 有点陌生，所以请原谅我的基本问题。

我在一个完整的数据集（358 个站点，40 个非生物参数，100 个物种观察）上执行 CCA。

这可以在第一列中不使用样本名称的情况下工作（最初，包含数字样本名称的第一列被解释为变量，所以我使用了没有该信息的表。当我通过 orditorp 将站点名称添加到图中时，它给出了“行。 name=n" 在图中。）但是，我想使用我的示例名称。我用示例名称信息在两个表上尝试了 row.names=1 ：

，以及env/otu/envnames/otunames 的任意组合。cca 在任何情况下都运行良好，但任何绘图命令都产生了

我的第二个问题与此有关：358 个站点分为 6 个组（4x60,2x59）。完整的矩阵将此信息推断为额外的列。由于我无法解决行名问题，无论如何，我更加坚持名义数据。原始矩阵包含第一列（样本名称，数字，但可以轻松转换为名义）和第二列（组标识，名义），然后是生物学观察。

我想拥有什么：

1. 包含所有六个组的 CCA，每组着色站点。
2. 仅包含一组数据的 CCA（无需手动构建单个输入表）
3. 使用我的原始样本名称的 CCA 图。

任何帮助表示赞赏！真的，我从昨天早上开始就一直坚持下去：/

我正在尝试为数据子集生成 pca 双图。在相同的主成分环境中，我只想根据水分含量绘制子集。

非常感谢您的任何输入！

我有以下脚本显示森林环境的累积曲线图，我想整合 Chao1、Chao2、ACE 和 ICE 指标图（使用“化石”包函数 spp.est(x) 得到的矩阵) 在相同的累积曲线中，我需要做些什么来包含它们。

有点像这张照片。

我对 R 很陌生，这可能是一个非常愚蠢的问题，但我现在很困惑。

我目前正在尝试对我的数据进行典型对应分析，以了解哪些环境因素对社区分布的影响更大。我正在使用素食包。我的数据包含一个环境因素表（数据集 EFamoA）和另一个丰度矩阵（数据集 AmoA）。我有 41 种土壤，有 39 个环境因素和 334 个物种。在清理了所有非数值变量的数据后，我尝试使用公式表示法执行 cca 分析：

但后来我得到这个错误：

我真的不知道从哪里开始，并且在任何地方都没有找到关于这个问题的太多信息（这让我认为这一定是我正在做的某种非常基本的错误）。我的环境因素数据没有标准化，因为我在 cca 帮助文件中表示算法会执行此操作，但也许我应该在此之前对其进行标准化？（我也红色表示 scale = TRUE 仅适用于物种）。我应该将数据转换为矩阵吗？

我希望我的观点足够清楚，因为我已经为此苦苦挣扎了一段时间。

编辑：我的环境数据有 NA 值

我一直在对我在不同采样点拥有丰富物种的数据集进行一些排序。我正在使用metaMDS()素食主义者来做到这一点。使用此功能，您可以：

1. 直接输入社区数据（行中的站点和列中的物种）并指定您希望它使用的距离类型（即 jaccard、brays curtis、euclidean 等）以及vegdist()执行此操作的函数调用。

另一方面，您可以

2. 给出metaMDS您已经创建的距离矩阵，可能使用vegdist()（与函数分开metaMDS()）。

我感到困惑的是，如果我执行第一个策略，我会得到一个答案，而当我执行第二个策略时（然后将该距离矩阵放入metaMDS()函数中），我会得到一个完全不同的答案（非常不同的应力值，不同的排序坐标） . 当我调用在第一个策略中创建的距离矩阵时，距离与我从vegdist()函数中得到的完全不同。我顺便读到，研究其他东西，当metaMDS()调用该vegdist()函数时，它正在寻找多维空间中的距离，而仅使用vegdist()是在一维空间中。

本质上我要问的是如何metaMDS()调用和计算距离vegdist()（它是在多维空间中进行的吗？），这与简单地使用vegdist()自身有何不同？希望在理解这些差异时，我可以辨别出哪种方法对我的数据集来说是最好和最合适的。

我正在尝试从受约束的排序（确切地说是 dbRDA）生成双图，并且我想重新缩放矢量箭头的长度。vegan 中的plot和ordiplot命令会自动缩放约束向量箭头以适合图形，因此会截断 biplot 分数轴。一个例子：

约束的矢量箭头的双标得分轴被截断（即未显示从 -1 到 1 的整个范围）并且无法读取（对于右侧轴尤其困难）。虽然使用 ylim 和 xlim 缩放 CAP 轴当然很容易，但我还没有找到重新缩放约束的解决方案。我敢肯定答案是一个非常简单的答案，但我对素食主义者比较陌生，经过两天的尝试还没有弄清楚。

干杯，
-Aapo

我正在尝试更改我的 NMDS 图中的轴以放大我的站点的绘制位置。我假设在我没有绘制的物种点的产品中选择的空间。我尝试将 xlim 添加到我的代码中无济于事，并且想知道我是否将它放在错误的位置，或者是否需要其他操作。下面是我的代码的副本。

谢谢

问题：

我正在使用包linestack中的情节。对于更多数量的数据/标签，绘图会被裁剪。vegan

可重现的例子：

问题： 如何在没有裁剪的情况下获得包括所有值/标签（1:13 和 85:100）的完整图？

我在两个数据帧上执行了非度量多维缩放 (NMDS)，每个数据帧包含不同的变量但针对相同的站点。我正在使用素食包：

我使用 procrustean 叠加来拟合结果

我最感兴趣的是了解每个数据集中的变量如何组合在一起。我想使用 plot() 函数返回来自 ResponsesS3 和 EnvtS3 的变量图，而不是站点（这是 plot 函数默认返回的）。

这可能吗？