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我想修改 phyloseq 包生成的图（从 gi​​thub 下载）。Phyloseq 图是 ggplot2 对象，所以我认为我可以通过将 ggplot2 对象添加到 phyloseq 创建的对象来添加元素。在某些情况下，这有效，但在其他情况下无效，我不明白为什么。例如：

现在我将尝试从 vegan 包中向图中添加一些 envfit() 箭头，请参见此处的上一个问题：

但是，这会返回一个错误：“eval 中的错误（expr，envir，enclos）：找不到对象 'id.type'”

如果我们尝试添加另一种类型的 ggplot2 元素，它将起作用：

我想使用 ggplot2 为我正在处理的一些数据制作一个 NMDS 排序图。有一个很好的例子说明如何从以前的堆栈溢出线程中找到这里：Plotting ordiellipse function from vegan package to NMDS plot created in ggplot2

我试图从这个先前的线程中复制这个函数并用于我的数据。但是，在将函数传递给 R. 后，我遇到了以下错误消息：

数组（x，c（长度（x），1L）中的错误，如果（！is.null（名称（x）））列表（名称（x），：“数据”必须是向量类型，为“空” '

我可以使该功能适用​​于 Vegan 包提供的沙丘数据集，但我自己的数据集遇到了障碍。任何人有任何想法或想法？我在下面提供了一个指向我的数据集的链接，并在下面粘贴了我的代码。

数据可见： https ://docs.google.com/spreadsheets/d/1O2YCapLaCMlCco3-0mZ07_KoJPTfWdjWYudLvMd183Y/edit?usp=sharing

代码：

我是多元统计的新手，所以如果这个问题很幼稚，或者我错过了一些重要的事情，请原谅我。

我想知道在使用 adonis 时如何处理不平衡的设计。我有一组河流沉积物中存在的微生物群落和因子流（4 个级别）、US_DS（2 个级别）和季节（2 个级别）（我还有其他因子，但暂时坚持这些）。例如下面的代码：

不幸的是，设计是不平衡的（一些站点只有 1 个复制，而其他站点最多有 3 个）。

我尝试过运行 adonis，但是因为 anodis 使用 1 型 SS，所以我将因素放入的顺序会产生很大的不同，并且没有理由将一个因素放在其他因素之前。我知道其他统计数据包通过使用类型 II 或 III 的平方和来解决这个问题，并且无论您使用哪种类型的 SS，都有优点和缺点。我的数据的性质意味着其他更简单的统计测试并不适合。

我想知道如何将 III 型错误与 adonis 一起使用，或者是否有一个程序可以通过使用 I 型错误和 adonis 来找到合适的测试。谢谢

我有一个从包含三个原始列的表中导出的矩阵：第 1 列 = 站点代码，第 2 列 = 物种代码，第 3 列 = 每个物种的生物量重量。每个小区中每个物种的生物量重量显示在矩阵中。可以使用以下三个选项之一来计算矩阵（感谢对较早问题的反馈）：

注意：dissim 是两列表的 .csv 文件名；dissimBiom 是三列表的 .csv 文件名。

我现在想根据上面的矩阵生成一个相异矩阵。下面的代码需要 vegan 和 ecodist 包。

我之前使用过该功能

仅基于两列（站点与物种）生成矩阵，然后使用

生成相异矩阵。这工作得很好。

相反，尝试生成一个相异矩阵，其中该矩阵是使用以下代码之一生成的（如上）

使用相同的功能

导致以下错误消息

注意：我从我编写的文件 matrixBiom.csv 中调用 matrixBiom 来将 NA 转换为 0，使用

与 matrixBiom.meta 相比，matrix.meta 直接用于 'matrix' 而无需编写 .csv 文件。

此外，由生成的矩阵

看起来像这样

而由其他任何一种方法生成的矩阵具有格式

我的问题是，

1) 在这些函数中的任何一个中

NA可以直接转换为0以避免在.csv文件中写入和读取，也许这可以解决问题？

2) 哪些修复可用于三列表示例以使用 metaMDS 进行 NMDS？

3) 是否有替代函数来计算三列表示例的相异矩阵？

任何建议将不胜感激。

请在下面找到可重现的数据子集：

我正在尝试使用 R 对大型数据集进行更简单的分析（素食包） ；我在具有较小数据集的本地机器（10 核，16GB 内存）上运行它取得了一些成功。然而，当我扩展我的分析以包含更大的数据集时，代码以如下错误终止：

因此，我对 Amazon AWS 实例（更具体地说，一个 r3.8xlarge 实例：32 核，244GB ram）尝试了相同的分析，但我得到了同样的错误，这次最具体的是：

我尝试过的两个系统（本地和 AWS）都是 Ubuntu 机器，并且sessionInfo()有

以下是我正在运行的相关代码行：

有什么想法吗？

我有一个包含 100 个物种的数据集，因此绘制起来非常糟糕。所以我想挑选出这些物种的一个子集并将它们绘制在 RDA 图中。我一直遵循这个 指南

代码如下所示：

这是你最终得到的情节。现在我真的很想从情节中删除一些物种，但不是分析。所以情节只显示了 Salrep、Viclat、Aloge 和 Poatri。

帮助表示赞赏。

我有一个来自 6 个样本的数据集，其中有很多物种（12k）和一些环境因素（7 个因素）。我正在尝试对物种进行 PCA 排序，然后使用vegan包将环境因素添加到分析和绘图中。我要做的是：

接着

输出如下：

并且“质心”表示在与样本本身相同的位置（重复信息）和没有它们所代表的因子名称的箭头的图，它们代表的位置允许识别它们（它们似乎离结尾太远了的箭头）。

如何将名称移近相应的箭头？如何从图中删除“质心”（“因子”）？

我也不确定我是否正确地进行了分析。

非常感谢。

我正在尝试使用 anova() 函数测试 rda 模型的整体意义，但我已经意识到，如果我多次运行 anova，它不仅每次都会给出不同的 p 值，而且也给出了不同的排列数。

Rfpreds<-rda(Rorders ~ Cornyield + Respiration + Nmin + logNase + logBGase + logPase, data=Rfunctions, na.action="na.omit")

方差分析（RFpreds）

所以我想看看我是否会使用更多的排列得到更一致的结果。我在使用 R 文档方面不是很有经验，但我的理解是我应该能够设置排列数：

方差分析（Rfpreds，排列 = 999）

但这会导致错误：

match.arg(model) 中的错误：“arg”必须为 NULL 或字符向量

我无法弄清楚我在这里做错了什么，但如果每次运行代码时它都不同，我当然不能报告 p 值。

I've got a problem fighting one error. Here is the line I try to execute:

It returns a failure message:

Everything seems to be alright with the dataset, because aov(data = dset, adiv ~ N+P+K) works just fine. I know that such errors appear when some functions drop data frame dimensions, but I don't know how to fix it in this case.

Edit. Adding a piece of my dataset.

Before I try to execute adonis I convert treatment values into factors with:

Then I just try to execute the function and get the error. As I've already mentioned, everything works just fine when I try aov() or lm().

我正在尝试在Vegan中执行anosim分析，但它似乎不起作用......在 anosim 函数之后它没有给出错误，但是当我尝试查看摘要时它说：

sort.int(x, na.last = na.last, 递减 = 递减, ...) 中的错误：
'x' 必须是原子的

我的数据看起来像一个包含地点和物种的简单社区矩阵（与沙丘数据集相同）。

我试过这个：

的类data是data.frame， 的类env是factor， 的类dist.com是dist。

它与帮助中的示例相同...

我该如何解决这个问题？