0

I've got a problem fighting one error. Here is the line I try to execute:

library(vegan)
adonis(data = dset, adiv ~ N+P+K)

It returns a failure message:

Error in rowSums(x, na.rm = TRUE) : 
  'x' must be an array of at least two dimensions

Everything seems to be alright with the dataset, because aov(data = dset, adiv ~ N+P+K) works just fine. I know that such errors appear when some functions drop data frame dimensions, but I don't know how to fix it in this case.

Edit. Adding a piece of my dataset. 

treatment   N   P   K   M   adiv
N   1   0   0   0   0.2059
P   0   1   0   0   0.20856
K   0   0   1   0   0.22935
O   0   0   0   0   0.10729
NP  1   1   0   0   0.30674
NK  1   0   1   0   0.30509
PK  0   1   1   0   0.30606
NPK+    1   1   1   1   0.50389
NPK 1   1   1   0   0.40731
manure  0   0   0   1   0.2085

Before I try to execute adonis I convert treatment values into factors with:

dataset$N <- as.factor(dat$N)
dataset$P <- as.factor(dat$P)
dataset$K <- as.factor(dat$K)
dataset$M <- as.factor(dat$M)

Then I just try to execute the function and get the error. As I've already mentioned, everything works just fine when I try aov() or lm().

4

1 回答 1

4

这是猜测，因为您的问题没有任何可重现的内容。但是，如果我使用单变量响应，我可能会触发类似的错误：adonis 适用于多变量响应，并且可能不适用于单变量响应。可以使用adonis阅读帮助页面?adonis，它说公式的左侧应该是“相异对象（从类继承"dist"）或数据框或矩阵”。当我尝试时，遵循这会有所帮助（但我真的无法重现您的示例）：您可以尝试使用 lhs of as.matrix(Nitrososphaearaceae)or dist(Nitrososphaeraceae)。

该adonis 功能确实适用于多变量响应，并且使用单变量响应需要小心。您还应该仔细考虑与此类模型一起使用的相异性（或距离）类型。例如，上面的两个备选方案将给出不同的结果，因为它们使用不同的差异度量。我完全不确定使用基于距离的方法（例如adonis 单变量响应）是否有意义。

于 2015-02-18T11:34:43.290 回答