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我正在尝试使用 anova() 函数测试 rda 模型的整体意义，但我已经意识到，如果我多次运行 anova，它不仅每次都会给出不同的 p 值，而且也给出了不同的排列数。

Rfpreds<-rda(Rorders ~ Cornyield + Respiration + Nmin + logNase + logBGase + logPase, data=Rfunctions, na.action="na.omit")

方差分析（RFpreds）

所以我想看看我是否会使用更多的排列得到更一致的结果。我在使用 R 文档方面不是很有经验，但我的理解是我应该能够设置排列数：

方差分析（Rfpreds，排列 = 999）

但这会导致错误：

match.arg(model) 中的错误：“arg”必须为 NULL 或字符向量

我无法弄清楚我在这里做错了什么，但如果每次运行代码时它都不同，我当然不能报告 p 值。

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可能你有一个旧版本的vegan。可能早于 2.2-0。

在vegan 2.2-0 之前，我们使用惰性策略，一旦我们确定排列p值低于临界阈值（通常p = 0.05），排列就会停止，但在 2.2-0 中，我们总是使用相同数量的排列，如参数中给出的。

您有两个选择：（1）升级vegan并使用参数permutations，或（2）将参数设置step为perm.max 相同的值，给出所需的排列数量。

于 2015-02-17T12:11:12.050 回答