问题标签 [phyloseq]

我想修改 phyloseq 包生成的图（从 gi​​thub 下载）。Phyloseq 图是 ggplot2 对象，所以我认为我可以通过将 ggplot2 对象添加到 phyloseq 创建的对象来添加元素。在某些情况下，这有效，但在其他情况下无效，我不明白为什么。例如：

现在我将尝试从 vegan 包中向图中添加一些 envfit() 箭头，请参见此处的上一个问题：

但是，这会返回一个错误：“eval 中的错误（expr，envir，enclos）：找不到对象 'id.type'”

如果我们尝试添加另一种类型的 ggplot2 元素，它将起作用：

我正在使用 phyloseq 包。

我想将pH作为参数传递给test()但unique()不接受它是有效的。我可以将“pH”传递给test()但subset_samples()不接受它是有效的。我曾尝试将论点强制转换为几种不同的类型，但没有成功。

子集样本的来源：

我正在使用这个名为“phyloseq”的 R 包来分析生物信息学数据。

因此生成的条形图不会将同一个 Family 堆叠在一起。例如，样本 10 中有两个单独的“I”块。我知道使用 ggplot2 的 phyloseq 绘图图。有谁知道我可以将哪些 ggplot2 相关代码添加到 lot_bar(physeq, fill = "Family") 以在条形图中将同一个系列堆叠在一起？

我正在分析来自肺和口腔的 16 秒微生物组数据，我基本上是在自学 R。所以我通过 qiime 完成了它，并将两个文件上传到 R。我的 OTU 表使用：

还有我的那种“地图”文件，它只包含 SampleID、Location 和 Paired。例如：

代码：

我的数据是配对的，我想使用热图比较肺和嘴。我在使用 R 时遇到了麻烦。首先，它不会让我按位置进行操作。我试过了：

我得到了这个错误：

我去了?sample_data，我不知道我在这里错过了什么。

其次，如果有意义的话，我想按位置和配对。

谁能帮我处理这段代码，也许可以解释一下我在这里遗漏了什么，因为我也有数据，我在基线时查看肺微生物组，然后在 2 个月后再次查看，所以这也是配对数据。

谢谢您的帮助！

这是我的整个代码：

另外，我不确定如何制作 phyloseq 对象

我这里有一些不同分类群的地块。每个条形代表一个 Phlyum（颜色）内生物的顺序（x 轴上的名称）。现在订单按字母顺序排列，但这导致 Phlya 到处都是。如果我可以根据 Phylum 将 Order 组合在一起，那就太好了。所以基本上所有的颜色都会组合在一起。有人可以帮助我吗？谢谢！

https://www.dropbox.com/sh/5xn5si352bgslg0/AADyI_ON39_55qvNdvB167Lga?dl=0

我想调整我在 plot_net 中的文本大小，但没有一个选项对我有用。我在尝试

这给了我错误

“错误：geom_text 需要以下缺失的美学：x、y、标签”。

谁能告诉我如何解决这个问题？

我不想调整图例或轴的大小，而是调整节点文本。

这张图片是使用 phyloseq 绘制的，但由于字体很小，我想让它突出。

我正在使用 phyloseq 包在 R 中进行微生物组数据分析。此分析的第一步是导入两个文件，一个是 .BIOM 文件（分类信息），另一个是元数据文件（制表符分隔的 .txt）。

两个文件都包含 147 个样本，列在第一列 (#SampleID)，例如 - 001、002、003…….010、011、…….147

我可以通过以下命令成功导入 BIOM 文件 –</p>

但是当我尝试使用此公式导入元数据 .txt 文件时，

它从#SampleID 列的样本名称中删除所有前导零。因此，我无法在后续的分析步骤中合并这两个文件。有人可以帮助我，我怎样才能在#SampleID 列中保留样本名称中的前导零。

感谢您的帮助。

.txt 输入文件中的数据结构

我正在处理多变量数据，试图将土壤细菌多样性（通过元条形码获得）与环境因素联系起来，看看哪些因素可以解释细菌多样性的最大变化。我正在使用 phyloseq 包进行大部分分析。我设法通过例如编写不同类型的协调

但是，我想做一个 RDA，逐步选择重要的环境变量。（如包ordistep()中的功能vegan）。您知道在 phyloseq 包中对此进行编码的方法吗？任何意见是极大的赞赏。

我正在学习本教程： https ://joey711.github.io/phyloseq/plot_ordination-examples.html

在 Ubuntu 16.04 中，每当我尝试使用其中一种排序功能时，都会遇到错误。

更新：它在 Windows 10、R 3.3.2 中对我有用

我的 Ubuntu 16.04、R 3.4.1 设置有什么问题

我已经查看了 phyloseq 教程，但我无法确定如何确定压力水平并绘制特定分类群（物种除外）的排序，例如家庭或其他分类。

为了说明我的观点，这里是以下 R 代码：

这是试图仅隔离家庭分类群

使用默认的 GlobalPatterns 数据集

使用修订后的 GlobalPatterns 数据集，将家庭作为唯一的分类群

您如何使用 phyloseq 对除物种以外的分类群进行排序？

我知道如何在素食主义者中做到这一点，但我需要一个 phyloseq 解决方案。

谢谢你。