我正在分析来自肺和口腔的 16 秒微生物组数据，我基本上是在自学 R。所以我通过 qiime 完成了它，并将两个文件上传到 R。我的 OTU 表使用：
otu=import_biom('C:\Users\OneDrive\otu_table.biom')
还有我的那种“地图”文件，它只包含 SampleID、Location 和 Paired。例如：
SampleID Location Paired
1_L Lung 1
1_M Mouth 1
2_L Lung 2
2_M Mouth 2
代码：
map=read.csv('C:\Users\OneDrive\Mouth vs lung R map_adj.csv',
header=T,row.name=1,stringsAsFactors=F)
我的数据是配对的，我想使用热图比较肺和嘴。我在使用 R 时遇到了麻烦。首先，它不会让我按位置进行操作。我试过了：
plot_heatmap(otu, sample.label="SampleType")
我得到了这个错误：
Error in get_variable(physeq, sample.label) :
Your phyloseq data object does not have a sample-data component
Try ?sample_data for more details.
我去了?sample_data，我不知道我在这里错过了什么。
其次，如果有意义的话，我想按位置和配对。
谁能帮我处理这段代码，也许可以解释一下我在这里遗漏了什么，因为我也有数据，我在基线时查看肺微生物组，然后在 2 个月后再次查看，所以这也是配对数据。
谢谢您的帮助！
这是我的整个代码：
library("phyloseq")
packageVersion("phyloseq")
otu=import_biom('C:\Users\closed-ref-33031010\otu_table.biom')
map=read.csv('C:\Users\Qiime Maps\Mouth vs lung R map_adj.csv',
header=T,row.name=1,stringsAsFactors=F)
sampledata1=sample_data(map)
otu2=merge_phyloseq(otu,sampledata1)
plot_heatmap(otu2)
另外，我不确定如何制作 phyloseq 对象