问题标签 [phylogeny]

I need to insert text like this in my Latex document:

((((tetrameristaceae,pellicieraceae),marcgraviaceae),balsaminaceae),(fouquieriaceae,polemoniaceae,sladeniaceae,(ternstroemia,adinandra)pentaphylacaceae,(schima,gordonia)theaceae,(lissocarpa,diospyros)ebenaceae,symplocaceae,(maesaceae,(theophrastaceae,(primulaceae,(myrsine,ardisia)myrsinaceae))),(diapensiaceae,(parastyrax,styrax)styracaceae),sapotaceae,(barringtonia,gustavia)lecythidaceae,(((ericaceae,cyrillaceae),(purdiaea,clethra)clethraceae),(sarraceniaceae,((actinidia,saurauia)actinidiaceae,roridulaceae)))))ericales;

Latex writes the all text in one line, going way off in the right margin. I cannot use \linebreak by hand, this just gives a poor result when the text is longer, and it would be a lot of work given all the similar text to include.

Any idea?

Thanks!

我想修改从 hclust 对象的绘图产生的树状图中叶子的属性。最低限度，我想更改颜色，但您可以提供的任何帮助将不胜感激。

我确实尝试用谷歌搜索答案，但我看到的每个解决方案似乎都比我想象的要困难得多。

我想为我在 Java 中生成的一些凝聚集群显示漂亮的树状图。我将集群写入 Newick 格式的文件中。然后，我可以得到一张几乎是我想要的漂亮照片。

不幸的是，X 轴不是我想要的。我更喜欢“反转”轴，因为聚类的迭代从右到左进行，例如firstName并setFirstName在第一次迭代中得到聚类。有谁知道我该怎么做，或者至少关闭 X 轴标签？（无论如何，默认轴试图告诉我什么？）

在使用 R 中的系统发育树数据时（特别是在使用“phylo”或“phylo4”对象时），标准化分支长度会很有用，这样某些分类群（进化速度更快的分类群）不会贡献不成比例的分支长度到树上。这似乎在计算 UniFrac 值时很常见，可以在此处的讨论中找到：http: //bmf2.colorado.edu/unifrac/help.psp。（但是，我需要的不仅仅是 UniFrac 值）。

但是，我找不到执行此规范化步骤的函数。我看过ape、picante、adephylo和phylobase。有人可以指导我找到包含此功能的包，或者可以直接编写此类功能的包吗？

我正在尝试在 R 的 geiger 包中执行 tip.disparity 函数。

我的数据：

当我使用函数“name.check”检查数据中的名称是否与树上的名称匹配时，它会返回

表明它是按数字引用名称。我试过转换为字符向量等

我试过用它运行它

我只是想编辑我的数据框，以便包将名称与我的树中的名称匹配（树是 newick 格式）

希望这更清楚谢谢

我对自举的理解是你

1. 使用一些算法从序列矩阵（例如核苷酸）构建“树”。
2. 你存储那棵树。
3. 从 1 扰动矩阵，并重建树。

我的问题是：从序列生物信息学的角度来看，3 的目的是什么？我可以尝试“猜测”，通过更改原始矩阵中的字符，您可以删除数据中的伪影吗？但我对这个猜测有疑问：我不确定，为什么需要移除这些人工制品。就其本质而言，序列比对应该通过查找长的相似性来处理伪影。

好人 - 我需要一些帮助来找到创建交互式分支图或系统发育树的方法（是的，我已阅读所有相关帖子，但没有找到我要找的东西）。问题是，我需要节点可以命名。一个例子是这样的

我发现的大多数脚本要么是applet、flash，要么根本不显示节点分类，即在这个例子中它会跳过“feliformia”。这对我来说没用，因为我最终会得到食肉动物 - 匿名节点 - 匿名节点 - 匿名节点 - 老虎，这不好。

这棵树理论上会覆盖所有生命，因此它可以变得相当大，并从数据库中获取英文和拉丁文的链接和名称。

所以：没有闪存，没有小程序。它必须是水平的，没有超级树（圆形）。我已经浏览了这个http://bioinfo.unice.fr/biodiv/Tree_editors.html 但它们中的大多数似乎都是旧的，没有显示子节点级别、小程序，或者太复杂了。

我想这对于 canvas/jQuery 来说将是一项令人愉快的工作..？很有可能，有人在我之前到达那里？

任何指针都非常感谢。

注意：如果有人想做这样的项目作为一个项目，我将很乐意提供帮助，即使这对这个项目对我没有好处。这种分类法并不像看起来那么简单，我很高兴看到这种情况发生。

编辑：一年过去了；我仍然认为这是一个非常有趣的问题。我已经离开科技界一段时间了；因此，如果有人找到了看起来很有希望用于大型项目的东西……我全神贯注。

我开发了用于系统发育树比较的新算法（系统发育树只是有根的二叉树）。作为输入，我们有两棵树，我们想计算它们的相似度百分比。这些类型的算法的一个例子是here。

但是这些算法中的大多数（我都知道）并没有提供检查算法准确性的好方法。例如，如果您看下图，您会发现 T1 和 T3 之间的相似性高于 T1 和 T2。

我需要一种方法来检查其相似性度量的准确性，以确保我的算法比以前的算法更好！！！（在大多数情况下，人眼并不难，但我不知道如何将其扩展到我的应用程序）

您的有效性度量应该独立于算法。

R我有几个从 Newick 格式导入的系统发育树。我正在使用该ape软件包通过命令绘制树木plot.phylo。我希望能够将提示标签的字体系列（不仅是我可以使用的大小cex，或者使用 的颜色）更改为monospace。该命令确实需要参数，但是当我通过. 我尝试将其包含在内也没有成功。colplotfamilyfamily="mono"par

给我一样的

我希望看到字体的变化。

编辑：将图形保存到时，字体系列规范似乎有效png，但不是devSVG。如何将更新的字体保存到SVG？

我想为海洋生物学课程制作一个简单的系统发育树作为教育示例。我有一个分类等级的物种列表：

我想得到一个树状图（聚类分析），并使用 Domain 作为第一个切割点，Kindom 作为第二个，Phylum 作为第三个，等等。应该忽略缺失值（没有切割点，而是一条直线）。组应用作标签的着色类别。

我有点不确定如何从这个数据帧中制作一个距离矩阵。R有很多系统发育树包，他们似乎想要newick数据/DNA/其他高级信息。因此，我们将不胜感激。