r - 在 R 中规范化系统发育树

Question

在使用 R 中的系统发育树数据时（特别是在使用“phylo”或“phylo4”对象时），标准化分支长度会很有用，这样某些分类群（进化速度更快的分类群）不会贡献不成比例的分支长度到树上。这似乎在计算 UniFrac 值时很常见，可以在此处的讨论中找到：http: //bmf2.colorado.edu/unifrac/help.psp。（但是，我需要的不仅仅是 UniFrac 值）。

但是，我找不到执行此规范化步骤的函数。我看过ape、picante、adephylo和phylobase。有人可以指导我找到包含此功能的包，或者可以直接编写此类功能的包吗？

Answer 1

您是否正在寻找一个仅缩放树的分支长度的函数？如果是这样，compute.brlen()猿会这样做。Grafen 的 rho 和 all = 1 有内置选项。您也可以提供自己的功能。

我不知道 UniFrac 是否会进行其他类型的分支长度缩放。但如果是这样，你可以编写你的函数并传递它。