问题标签 [ape-phylo]

我已经使用 ape 函数和read.treeape 包的函数在 R 中导入了 ClustalW2 树。我使用 chronopl 函数估计分子年龄，得到一个超测量的二叉树。我想从中创建一个 R build in dendrogram 对象。

树的情节很好，是一个真正的phylo对象。但是我在尝试转换它时遇到了问题：

最小的工作示例：

生成的树“看起来”很好，我测试以确保树不是超度量和二元的，并希望将其转换为 hclust 对象，最终使其成为树状图对象。

尝试从树中创建 hclust 对象后，出现错误：

我意识到这是一个非常详细的问题，也许这些与某些软件包特别相关的问题最好在其他地方提出，但我希望有人能够帮助我。

非常感谢所有帮助，

问候，

文件下载

Phylip 文件可以在这里下载 http://www.box.net/shared/rnbdk973ja

在使用 R 中的系统发育树数据时（特别是在使用“phylo”或“phylo4”对象时），标准化分支长度会很有用，这样某些分类群（进化速度更快的分类群）不会贡献不成比例的分支长度到树上。这似乎在计算 UniFrac 值时很常见，可以在此处的讨论中找到：http: //bmf2.colorado.edu/unifrac/help.psp。（但是，我需要的不仅仅是 UniFrac 值）。

但是，我找不到执行此规范化步骤的函数。我看过ape、picante、adephylo和phylobase。有人可以指导我找到包含此功能的包，或者可以直接编写此类功能的包吗？

R我有几个从 Newick 格式导入的系统发育树。我正在使用该ape软件包通过命令绘制树木plot.phylo。我希望能够将提示标签的字体系列（不仅是我可以使用的大小cex，或者使用 的颜色）更改为monospace。该命令确实需要参数，但是当我通过. 我尝试将其包含在内也没有成功。colplotfamilyfamily="mono"par

给我一样的

我希望看到字体的变化。

编辑：将图形保存到时，字体系列规范似乎有效png，但不是devSVG。如何将更新的字体保存到SVG？

我正在尝试将系统发育树排列到显示一组相关生物体的生理数据的图表上。有点像下图。这是从 2 个单独的图表中放在 powerpoint 中的。我想它可以完成工作，但我希望创建一个我认为更容易格式化成文档的图像。我可以使用 ggplot2 生成我想要的图形，并使用 ape 导入树。我在想应该有一种方法可以将树保存为图形对象，然后使用 gridExtra 中的 gridarrange 函数将其与图形一起排列。问题是猿不会让我将树保存为图形对象，例如，

只是绘制树，当你调用 p2 时，它只给出一个参数列表。我想知道是否有人有任何提示。

谢谢！

我有 4000 条人工林的数量记录。我需要计算整个种植园的 Moran's I。我使用ape库，因为据说 spdep速度较慢。我的代码是这样的：

当我运行代码时，会出现类似溢出的错误。

使用 ff 库

更多错误信息：

• 我怎样才能得到整个种植园的计算？

• 我应该使用sdep而不是猿库吗？

• 并行库如何解决这个问题？

提前感谢胡安

我有一个数据框，其中一列是基因座名称，另一列是 DNA 序列。我正在尝试使用as.DNAbin{ape}或类似方法来创建 DNAbin 对象。

这里有一些示例数据：

x <- structure(c("55548", "43297", "35309", "34468", "AATTCAATGCTCGGGAAGCAAGGAAAGCTGGGGACCAACTTCTCTTGGAGACATGAGCTTAGTGCAGTTAGATCGGAAGAGCA", "AATTCCTAAAACACCAATCAAGTTGGTGTTGCTAATTTCAACACCAACTTGTTGATCTTCACGTTCACAACCGTCTTCACGTT", "AATTCACCACCACCACTAGCATACCATCCACCTCCATCACCACCACCGGTTAAGATCGGAAGAGCACACTCTGAACTCCAGTC", "AATTCTATTGGTCATCACAATGGTGGTCCGTGGCTCACGTGCGTTCCTTGTGCAGGTCAACAGGTCAAGTTAAGATCGGAAGA"), .Dim = c(4L, 2L))

如果我尝试y <- as.DNA(x)R 创建一种具有 4 个 DNA 序列（示例的 4 行）长度为 2（我假设为两列）的 DNAbin 对象，则没有标签，当然碱基组合也不起作用。

文档不是很清楚，但是在玩过包的woodmouse示例数据之后，我认为我需要做的是创建一个矩阵，每个基数为一列，然后使用as.DNAbin. 即在上面的示例中，一个 4 x 84 矩阵（1 列用于基因座名称，83 用于序列？）。关于如何做到这一点的任何建议？还是有更好的主意？

谢谢

I'm trying to extract a parameter from a model fit by ML which has a correlation structure obtained from corPagel (defined in package ape). The parameter of interest is within the element named apVar in the summary.

This code produces the following output (please, download a dput with model m here):

Extracting values of the first matrix is trivial, but how can I extract the value of corStruct within the element attr(, "Pars")?

我是R的初学者。

我想使用 ape 包中的 R clustal 函数来处理我的 DNA 序列，所以我可以使用 {pegas} 进行进一步的分析。

但是，当我第一次尝试手册中提供的示例时：

但我收到一条错误消息：

我想知道如何解决这个问题？顺便说一句，我使用的操作系统是 Mac OS 10.9。谢谢你。

我今天遇到了这个，不知道为什么。我有几个函数链接在一起，作为更大管道的一部分执行一些耗时的操作。我已经将这些包括在这里，尽可能地简化为一个测试示例。问题是当我直接调用一个函数时，我得到了预期的输出（例如，5 个不同的树）。但是，当我使用 apply_async（或应用，没关系）在多处理池中调用相同的函数时，我得到 5 棵树，但它们都是相同的。

我已经在 IPython 笔记本中记录了这一点，可以在这里查看：http: //nbviewer.ipython.org/gist/cfriedline/0e275d528ff1a8d674c6

在单元格 91 中，我创建了 5 棵树（每棵树有 10 个提示），并返回两个列表。第一个包含非多处理树，第二个来自 apply_async。

在单元格 92 中，您可以看到在没有多重处理的情况下创建树的结果，在单元格 93 中，可以看到使用多重处理的结果。

我期望在两个测试之间总共有 10 种不同的树，但是所有的多处理树都是相同的。对我来说意义不大。

事物的相关版本：

• Linux 2.6.18-238.12.1.el5 x86_64 GNU/Linux
• Python 2.7.6 :: Anaconda 1.9.2（64 位）
• IPython 2.0.0
• Rpy2 2.3.9

谢谢！克里斯

我正在尝试使用 {pegas} 的 haploNet 函数来绘制单倍型网络，但我无法将来自不同群体的相同单倍型放在同一个饼图中。我可以使用以下脚本构建单倍型网络：

我想在 dnabin 数据中设置每个分类群的原始种群的标签，所以我可以在结果网络中拥有不同颜色的饼图（来自不同种群的单倍型）。我还想删除生成的单倍型网络中的重叠圆圈。

谢谢你的帮助！

一个例子：

该脚本用于使用 {pegas} 构建单倍型网络。较大的圆圈代表某种类型的更多单倍型。我想知道如何在 dnabin 矩阵中设置单倍型的起源，以便它们在网络中以不同的颜色出现。