问题标签 [clustal]
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parsing - 使用 Clustal 从每行打印 50 个序列
我有一个多序列比对（Clustal）文件，我想阅读这个文件并以这样一种方式排列序列，使其看起来更清晰、更精确。
我正在使用一个AlignIO对象从 Biopython 执行此操作：
我的输出看起来凌乱且长时间滚动。我想要做的是在每行中只打印 50 个序列并一直持续到对齐文件的末尾。
我希望有这样的输出，来自http://www.ebi.ac.uk/Tools/clustalw2/。
python - 在不输入 FASTA 文件的情况下运行 clustalw2
如何在没有输入 FASTA 文件的情况下运行ClustalW2 ？
我可以在命令中添加管道吗？我目前正在关注Biopython Tutorial and Cookbook中的第 6.2.1 节。
r - R {ape} clustal 找不到 clustalw2
我是R的初学者。
我想使用 ape 包中的 R clustal 函数来处理我的 DNA 序列，所以我可以使用 {pegas} 进行进一步的分析。
但是，当我第一次尝试手册中提供的示例时：
但我收到一条错误消息：
我想知道如何解决这个问题？顺便说一句，我使用的操作系统是 Mac OS 10.9。谢谢你。
python - BioPython，如何从 .fasta 转换为 .aln 以进行集群对齐？
我有一个 .fasta 文件，我希望将其转换为 .aln 以便它可以与 alignIO.read 命令对齐，或者以某种方式给我的 fasta 文件“Clustal Headers”，因为当我使用 fasta 文件时它只是输出它不是一个已知的 clustal 标头，是应该执行此操作的“ClustalwCommandline”返回，因为在教程中它说将其返回分配给 cline，并且只打印 cline，不确定如何处理 cline
编辑：- 我也应该输出一个 .dnd 文件，不知道如何
algorithm - Bioperl 程序执行错误
我已经安装了 bioperl，但对在哪里获取它以及在哪里运行 bioperl 程序感到困惑。然后我对其进行了测试，它成功了我已经为多个 seq 运行了一个程序。结盟。
产生了错误
无法在 @INC 中找到 Bio/Tools/Run/Alignment/Clustalw.pm（@INC 包含：/etc/perl /usr/local/lib/perl/5.14.2 /usr/local/share/perl/5.14. 2 /usr/lib/perl5 /usr/share/perl5 /usr/lib/perl/5.14 /usr/share/perl/5.14 /usr/local/lib/site_perl .) 在 msa.pl 第 3 行。开始失败--编译在 msa.pl 第 3 行中止。
alignment - 命令行中的 Clustal Omega
以下是当我在 clustal omega 包中在终端上键入 ./configure 时得到的结果。
然后，当我“制造”时，我得到，
当我输入“make”时它必须工作正常，所以我继续安装 clustal omega。但这就是我得到的。请告诉我该怎么办。
python-2.7 - 使用 Biopython Phylo 将终端重命名为 None
我一直在使用 Biopython 将一些氨基酸序列与 Clustal-Omega 对齐，然后导入生成的树。
因此，导入的树现在有一些名为 None 的叶子/终端，并且缺少等效数量的命名叶子。
我尝试在树上查看文件（由 clustalo 格式化），并注意到被重命名为 none 的基因在它们之后总是有 -0，例如：
-0 是什么意思，我该如何解决这个问题，以便命名我的所有终端？
作为旁注，当我用 DNA 序列填充我的 fasta 文件而不是对齐并导入该树时，它似乎没有发生。
perl - 无法通过 Bioperl 运行 Clustalw
我正在尝试运行下面的脚本。但我得到了错误：
------------- 异常 ------------- 味精：找不到 clustalw 的可执行文件。path="clustalw.exe" STACK Bio::Tools::Run::WrapperBase::executable C:/Perl64/site/lib/Bio/Tools/Run/ WrapperBase.pm:340 STACK Bio::Tools::Run: :Alignment::Clustalw::_run C:/Perl64/site/lib/Bio/Tools/Run/Alignment/Clustalw.pm:752 堆栈 Bio::Tools::Run::Alignment::Clustalw::align C: /Perl64/site/lib/Bio/Tools/R un/Alignment/Clustalw.pm:515 堆栈顶层 a.pl:29
如何让 perl 找到我的clustalw.exe？
我认为已经通过在开始时设置环境变量来做到这一点$ENV{CLUSTALDIR}。
python - Biopython Alignment 使用 Muscle 或 ClustalW 无需文件输入
我实际上是在 python3 中构建一个脚本来计算几个配对序列之间的差异。所以，我需要首先在 2 个蛋白质序列之间进行比对，然后与 2 个 dna 序列进行密码子比对。为了进行我的第一次比对（在 2 个蛋白质序列之间），我实际上正在使用
但我需要一些更复杂的东西，比如 ClustalW 或 MUSCLE 算法。问题是我的脚本是按照我询问 4 个序列的方式构建的：2 个 dna 和 2 个氨基酸。
然后我将我的序列转换为字符串。但是 ClustalW 和 MUSCLE 要求提供包含这些序列的文件。有没有办法给出这样的序列：
或者像这样：
因为我不想为我的每个序列（大约 450 个）创建一个序列未对齐的文件......
非常感谢你。
r - 在 r 中执行函数 clustal() 时出现错误
我是初学者 R，我尝试运行命令clustal(sylvia.seq)
我收到以下错误：
我在另一篇文章中看到了如何为 Windows 修复它，但不幸的是我使用的是 macos，我无法让它工作。