问题标签 [clustal]

我试图在 Google Cloud Platform 上从 python3 的 Biopython 库运行 clustalw，然后使用 Phylo 库从 .dnd 文件生成系统发育树。

代码在我的本地系统上运行完美，没有错误。但是，当它在 Google Cloud 平台上运行时，会出现以下错误：

如果我运行sudo python3 clustal.py，错误将是

如果我以python的交互形式运行它，会发生以下情况

这是我的 clustal.py 文件：

我只想知道如何在 Google Cloud 平台上创建一个 .aln 和一个 .dnd 文件，因为我可以在我的本地环境中获得。我想这可能是因为我没有权限在服务器上使用 python 创建一个新文件。我已经f = open('test.txt', 'w')在 Google Cloud 上尝试过，但直到我sudo在终端命令（如sudo python3 text.py. 但是，如您所见，对于 clustalw，添加sudo只会使整个 biopython 库丢失。

如果为n 个核酸序列构建了一个词频表（序列 ATG 对应于长度为 2 的两个词，AT 和 TG），则可以使用该表（直接或通过 PCA 降维后）来计算距离这些序列的矩阵，然后可以聚集成系统发育树（doi：10.1007/s00285-002-0185-3）：

几种病毒序列的系统发育树

这工作得非常好，输出看起来类似于用 ClustalX 进行多序列比对获得的树，但计算时间是几秒而不是几小时。

问题：如何衡量这些树的质量，选择最佳字长k或（如果使用 PCA）最佳分量q数量，以及距离和聚类方法？最好不要使用随机序列进行冗长的引导；-)。

我有一个 FASTA 文件，其中包含与州及其引用相关的序列。是否可以通过 Jupyter notebook 使用 python 运行 MSA 和 clustal，然后使用对齐序列创建系统发育树。我不知道从哪里开始，当我被分配任务时也没有明确的方向。