python - 如何在 Jupyter 笔记本中使用 MSA 和 Clustal for python？

Question

我有一个 FASTA 文件，其中包含与州及其引用相关的序列。是否可以通过 Jupyter notebook 使用 python 运行 MSA 和 clustal，然后使用对齐序列创建系统发育树。我不知道从哪里开始，当我被分配任务时也没有明确的方向。

Answer 1

免责声明：我没有生物学背景。

据我了解，FASTA 格式包含一系列字母，对齐意味着查找序列 #1是否包含或与序列 #2部分重叠。那是字符串操作，Python 非常擅长。您需要编写一个接受 2 个字符串并返回所需内容的函数。

我在 Github 上找到了一个库，似乎可以这样做，我不知道在您的情况下是否允许使用它。以下代码片段取自文档。https://github.com/benchling/clustalo-python

from clustalo import clustalo
input = {
    'seq1': 'AAATCGGAAA',
    'seq2': 'CGGA'
}
aligned = clustalo(input)
# aligned is a dict of aligned sequences:
#   seq1: AAATCGGAAA
#   seq2: ----CGGA--

一旦您可以估计序列相似性，您就可以按顺序显示它们。

您可以在 Jupyter 笔记本中绘图，可以在此处查看示例：在 Google Colab 中使用 Turtle。或者您可以以文本格式显示树，使用空格、制表符等来格式化树。