python - 在不输入 FASTA 文件的情况下运行 clustalw2

Question

如何在没有输入 FASTA 文件的情况下运行ClustalW2 ？

我可以在命令中添加管道吗？我目前正在关注Biopython Tutorial and Cookbook中的第 6.2.1 节。

Answer 1

关于使用 Biopython

我假设您希望使用clustal包装器，ClustalwCommandLine. 作为包装器，它的功能是从实例创建适当的命令行调用。

我认为直接使用命令行工具通常更容易，使用subprocess（因此完全跳过 Biopython）。

stdin in clustalw2

查阅clustalw2文档，我看不到从以下位置传递数据的方法stdin：

        DATA (sequences)

-INFILE=file.ext                             :input sequences.
-PROFILE1=file.ext  and  -PROFILE2=file.ext  :profiles (old alignment).

stdin in clustalo

但是，如果升级到 Clustal Omega 是一种选择，您可以在Clustal Omega documentationthat one can pass中看到，-以指示从以下位置获取输入stdin：

SEQUENCE INPUT:

-i, --in, --infile={<file>,-}
    Multiple sequence input file (- for stdin)

看看我如何传递一个字符串以subprocess.Popen供参考，但简而言之：

from subprocess import Popen, PIPE, STDOUT


proc = Popen(['clustalwo', '-', <...>], stdout=PIPE, stdin=PIPE, stderr=STDOUT)
stdout = p.communicate(input='> Seq one\nATCGCTACGCACTACGTACG...')