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我是R的初学者。

我想使用 ape 包中的 R clustal 函数来处理我的 DNA 序列,所以我可以使用 {pegas} 进行进一步的分析。

但是,当我第一次尝试手册中提供的示例时:

clustal(woodmouse, pw.gapopen = 1, pw.gapext = 1, exec = "clustalw2")

但我收到一条错误消息:

/bin/sh: clustalw2: command not found
Error in file(file, "r") : cannot open the connection. In addition: Warning massage: In file(file, "r") : cannot open file '/var/folders/vm/fzyykk3x21g55fdvpctj7s900000gn/T//Rtmp0RjsMr/input_clustal.aln' :No such file or directory

我想知道如何解决这个问题?顺便说一句,我使用的操作系统是 Mac OS 10.9。谢谢你。

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确保您已安装 clustalw2。从这里下载 *.msi:

http://www.clustal.org/download/current/

然后运行

需要(猿)修复(集群)

确保 clustal 函数的以下部分:

shortPathName("C:/Program Files/ClustalW2/clustalw2.exe")

...完美匹配系统中 clustalw2.exe 的位置。也用“\”交换所有的“/”。

希望这有效-对我有用...

于 2015-01-15T19:49:25.380 回答