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如何使用替换矩阵修改Smith-Waterman 算法以在 Perl 中对齐蛋白质？

[需要引用]

我很想知道是否有任何生物信息学工具能够处理 multiFASTA 文件，为我提供序列数量、长度、核苷酸/氨基酸含量等信息，并可能自动绘制描述图。也可以使用 R BIOconductor 解决方案或 BioPerl 模块，但我没有找到任何东西。

你能帮助我吗？非常感谢 ：-）

在 Perl 中，我们IO::ScalarArray将数组的元素视为文件的行。在 BioPerl 中，我们有Bio::SeqIO，它可以生成一个文件句柄来读写Bio::Seq对象而不是代表文本行的字符串。我想做两者的结合：我想获得一个句柄，它Bio::Seq从这样的对象数组中读取连续的对象。有没有办法做到这一点？实现一个模块对我来说是微不足道的吗？

我想要这个的原因是我希望能够编写一个接受Bio::SeqIO句柄或对象数组的子例程Bio::Seq，并且我想避免根据我得到的输入类型编写单独的循环。也许以下会比编写我自己的 IO 模块更好？

我想编写一个获取 GFF3 文件名和范围（即 100000 .. 2000000）的 Perl 函数。并返回对包含在此范围内找到的所有基因名称/加入的数组的引用。

我想使用 bioperl 会很有意义，但我对它的经验很少。我可以自己编写一个解析 GFF3 的脚本，但如果使用 bioperl（或其他 packagegae）不太复杂 - 我宁愿重用他们的代码。

我正在使用perlbrew并且我想安装最新的 bioperl 版本。我应该使用cpanmorgit吗？

如果git- 我只是像往常一样安装（AKAgit clone ...然后制作和构建），还是我应该做一些特别的事情？

更新

具体来说，我不确定我是否了解BioPerl Using Git 手册中的以下专家：

告诉 perl 在哪里可以找到 BioPerl（假设您检查了 $HOME/src 中的代码；在 .bash_profile、.profile 或 .cshrc 中设置它）：

为什么这是必要的？

更新 2

简单地导出 bioperl 克隆目录不会影响所有bp_***.pl脚本（通常在/usr/bin/正常Build安装后找到）。

在使用 切换到正确的 perl 版本后，我还尝试从克隆的目录构建perlbrerw，但随后它运行 cpan shell 来安装一些似乎不能很好地使用的依赖项perlbrew（而不是cpanm）。

所以，我的问题仍然...

谢谢！

我按照BioPerl 手册bioperl-live进行操作：我克隆了under的新副本，~/src然后将以下行添加到我的~/.profile（我使用的是 Ubuntu）中：

但是，Eclipse 无法识别 BioPerl 模块，例如：

我想念什么？

我正在使用 Ubuntu 10.04 和 Perl 5.10.1。BioPerl 包有一些不错的脚本，例如 bp_genbank2gff3.pl，它将文件从 genbank 格式转换为 GFF3 格式。

问题：使用 bp_genbank2gff3.pl 时，我得到了意想不到的结果：基因特征在最后一个 GFF3 列中得到“Name=”而不是“locus_tag=”。

一位亲爱的 BioPerl 邮件列表成员告诉我，他使用来自 BioPerl 存储库的最新 BioPerl 版本并获得了正确的结果（“locus_tag =”）。我得到了一个新的副本，但它对我不起作用。奇怪的！

重建情景的步骤：

以下是我生成的 GFF3 中的第 8 行：

虽然这与我同事的结果相同：

请注意，我的版本中的“Name=”标签（在行尾）被我同事的“locus_tag=”替换了我不知道这里发生了什么......相同的输入，可能是相同的脚本，但不同的输出（我的同事得到的输出是理想的输出）。我们甚至编辑了完全相同diff的脚本 ( )。genbank2gff3.PLS

有任何想法吗？谁能看看他是否得到与我或我的同事相同的结果？

据我所知，需要在 Mac 上使用 sudo 运行 CPAN

安装新模块。理论上，可以通过从 Perl 文件夹中删除一个模块来删除它。

我的问题是：从 CPAN 安装带有'sudo' 而没有'sudo' 的 Perl 模块放在哪里？我以两种方式安装了 BioPerl，它似乎工作。我是否通过使用 sudo 而没有安装它搞砸了任何事情？

感谢您在令人困惑的 Perl 世界中提供的一点帮助。

寻找故障排除和编辑帮助。这是一个家庭作业。我的教授鼓励使用论坛。我还没有使用 Perl Functions 或 Subs 的经验，所以请将响应限制在适当的级别，以便我理解。

该脚本的目的是读取一串 DNA（或我稍后将添加的命令行文件），将其翻译成 RNA，然后以大写单字母氨基酸名称的形式返回蛋白质的值。

脚本的作用：

1. 从第一个字符中取出 3 个字符“密码子”，并给它们一个单字母符号（哈希表中的大写单字母氨基酸名称）

2. 打印以 AUG（“M”）开头并以 UAG、UAA 或 UGA 结尾的字符串的 RNA 蛋白质。

3. 如果遇到间隙，则启动新行并重复该过程。我们可以假设间隙是三的倍数。

据我所知，主要问题：

1. 我不知道数据在哪里循环通过哈希表。我试过在我的 Foreach 块之前和之后放置它。我还完全取消了 Foreach 块并尝试了 While & If。

2. Foreach 块似乎并未处理所有 @all_codons 数组，仅在 AUG 处停止。

3. 明显和最大的问题是它什么也没返回。沿途某处 $next_codon 值被分配“假”。我已经尝试逐条注释每一行 - 返回任何内容的最后一行是 My $start 并且从那里开始它都是错误的。

剧本：

新手，我正在尝试在 perl 环境中使用 Bioperl 模块。我的配置是

• Windows Vista/32
• 活动 Perl 5.10.1
• Bioperl 1.6.1
• Padre 和 Per Studio 2010 IDE

对于安装指南，我浏览了BioPerlWiki并使用了 PPM 方法。我安装成功。

为了检查 Bioperl 是否正常工作，我进一步遵循：

但是当我试图做进一步的检查时

然后我收到错误

我去了c:\perldoc Bio::Perl并知道它的用途，此外我也尝试通过谷歌追踪错误，但不知道出了什么问题。

我知道 Perl 和 bioperl 也在系统路径中。谁能指出我犯了哪些愚蠢的错误？

也会询问 bioperl 邮件列表，但我知道他们的回复不像 stackoverflow 那样快

谢谢