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我正在使用 BioPerl 模块从一组参数中获取一个字符串。我遵循了HOWTO:Beginners page。该模块显然返回一个哈希对象。如何从哈希对象中获取实际字符串？

数据转储器打印以下内容：

如何获得存储在 'seq' 中的“seq” $prot_obj？

我试过

但它不打印任何东西。数据转储器打印了这个词bless。Maybeseq是一个面向对象变量的字段。

如何查看可以传递给 Perl 模块上的新对象的参数/参数？我通常会去 CPAN 并查看该SYNPOSIS部分以了解我正在尝试做的事情的示例。但是他们提供的示例和描述并不总是全面的，我最终不得不寻找其他人使用该模块的示例，并希望有人尝试以与我相同的方式使用该模块。

这是我正在尝试使用的最新模块

如何查看可以传递给的参数的完整列表Bio::DB::GenBank->new()。有没有办法查看对象/对象/模块定义？还是对象的构造函数？

编辑：我刚刚意识到我可以从 CPAN 下载模块并自己查看模块中的代码以获取对象参数，但我想知道是否有人有更好的方法？

我在安装 ensembl API 时遇到问题。我一直在使用网站上的安装指南。首先，我很难获得 DBI 和 DBD mySQL 模块，但是一旦我使用了 perlbrew，我就没有问题了。但是，在运行 ping 时，我收到错误消息：

据我所知，我已按照安装指南进行操作，但在网上找不到任何其他帮助。非常感谢任何建议。

我已经通过 ppm 安装了 Bioperl1.6，并将 .pl 文件放在我本地主机的 cgi-bin 文件夹中。当我通过 url http://localhost/cgi-bin/bio2.pl运行 它时，它显示“内部服务器错误”

如果在 CGI 或 .pl 中运行任何 bioperl 文件，它会抱怨与内部服务器错误相同。

如果我通过 cmd 运行此代码，那么它会说无法找到基因库 excptn。

请指导我如何在 perl cgi 中运行 bioperl。

我需要一个 Perl 脚本来连接该行..

我有 1000 多个基因名称 (>pmpI) 及其功能（多态性外膜蛋白）在单独的行中，我希望在基因名称附近加入基因的功能，以便将来轻松可视化并保存以供进一步参考。

例如：文件内容看起来像这样

我尝试在 excel 中手动进行手动操作，但对于许多文件来说这是不可能的，所以我想从程序员那里获得帮助..

我需要 Perl 脚本来连接这些行

程序输出应该是这样的：

我正在尝试运行下面的脚本。但我得到了错误：

------------- 异常 ------------- 味精：找不到 clustalw 的可执行文件。path="clustalw.exe" STACK Bio::Tools::Run::WrapperBase::executable C:/Perl64/site/lib/Bio/Tools/Run/ WrapperBase.pm:340 STACK Bio::Tools::Run: :Alignment::Clustalw::_run C:/Perl64/site/lib/Bio/Tools/Run/Alignment/Clustalw.pm:752 堆栈 Bio::Tools::Run::Alignment::Clustalw::align C: /Perl64/site/lib/Bio/Tools/R un/Alignment/Clustalw.pm:515 堆栈顶层 a.pl:29

如何让 perl 找到我的clustalw.exe？

我认为已经通过在开始时设置环境变量来做到这一点$ENV{CLUSTALDIR}。

我正在尝试让 biotools 在我的 Mac 上运行，以便我可以运行一些使用 Bio::DB::Sam 的 Perl5 代码，但我遇到了困难。

• Mac OS X 10.10.4

• perl 5.18.2

• 按照安装说明升级 CPAN

• 'brew install expat' 告诉我 expat-2.1.0_1 已经安装

• 'sudo perl -MCPAN -e shell'

• '安装 CJFIELDS/BioPerl-1.6.924.tar.gz'

• “您要运行 Bio::DB::GFF 还是 Bio::DB::SeqFeature::Store 实时数据库测试？” =>'n'

• 全部安装

• '您是否要运行需要通过 Internet 连接到服务器的测试' => 'n'

最终得到（删除了一些行）：

之后，我测试：

并得到：

从 GitHub 克隆 bioperl-live（同步到修订版 73c446c69a77）并尝试以这种方式安装时，我得到了相同的结果。

请注意，我通过以下方式安装了 samtools 0.1.18（以匹配我们集群上的版本）：

• 下载 .tar.gz

• 运行“制作”

• 将“samtools”、“bcftools/bcftools”和“misc/*.pl”复制到我的路径上的 ~/debarcer-packages/bin

之后，我得到了这个：

尽管 samtools-0.1.18 Makefile 中有一条规则看起来（也许？）应该产生一个，但这个构建没有产生一个“.so”文件。

晚上好，我有一个 bioperl 代码来计算 fasta 文件中的序列数，但我正在尝试修改代码以计算任何给定 fasta 文件中短于 20 和长于 120 的序列。代码如下

每当我尝试启动 CPAN 时，我想就我在我的 mac 上遇到的错误获得一些建议。我正在尝试在我的机器上安装 BioPerl，但每当我尝试启动 cpan 或执行以下命令时：

perl -MCPAN -e shell

我得到一个错误Segmentation fault: 11。当我在命令前加上sudo. 当我尝试按照以下步骤在我的 mac (OS X El Capitan) 上安装 BioPerl 时，这也是同样的事情。

git clone https://github.com/bioperl/bioperl-live.git cd bioperl-live perl Build.PL)

有人对发生的事情或我应该做什么或担心什么有任何建议吗？我绝不是开发人员，对像我这样的新手的任何解释都将不胜感激。

干杯，马特

我正在使用 BioPython 将 Perl 代码转换为 Python 代码。

我得到了类似的东西：

我正在 Biopython 中寻找类似的功能。有这样的吗？