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我在安装 ensembl API 时遇到问题。我一直在使用网站上的安装指南。首先，我很难获得 DBI 和 DBD mySQL 模块，但是一旦我使用了 perlbrew，我就没有问题了。但是，在运行 ping 时，我收到错误消息：

ERROR: Error detected when connecting to Ensembl!
Looks like you need to setup your PERL5LIB with the Ensembl API. Please     consult http://www.ensembl.org/info/docs/api/api_installation.html
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If the problem persists please send the following error message to helpdesk@ensembl.org
Can't locate Bio/EnsEMBL/Registry.pm in @INC (@INC contains: /Users/haleighmiller/perl5/perlbrew/perls/5.14.4/lib/site_perl/5.14.4/darwin-thread-multi-2level /Users/haleighmiller/perl5/perlbrew/perls/5.14.4/lib/site_perl/5.14.4 /Users/haleighmiller/perl5/perlbrew/perls/5.14.4/lib/5.14.4/darwin-thread-multi-2level /Users/haleighmiller/perl5/perlbrew/perls/5.14.4/lib/5.14.4 .) at ./ping_ensembl.pl line 117.

据我所知，我已按照安装指南进行操作，但在网上找不到任何其他帮助。非常感谢任何建议。

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我们看不到您的代码，但问题似乎很清楚。您需要按照链接到解释 API 安装的页面上的第 3 点所述设置您的环境。奇怪的是，没有构建/安装过程，因此您必须手动扩展 PERL5LIB 变量以指向正确的位置。您可以运行echo $PERL5LIB以查看解释器将在哪里搜索模块。

您发布的错误消息表明您需要添加正确的 Ensembl 目录才能使脚本正常工作。一个简单的测试是perl -MBio::EnsEMBL::Registry -e 1在命令行运行。如果它什么也没打印，那么一切都设置正确。如果您看到相同的错误消息，则表示 PERL5LIB 变量设置不正确。

于 2015-12-30T23:30:39.260 回答