问题标签 [bioperl]

I've got an array full of accession numbers, and I'm wondering if there's a way to automatically save genbank files using BioPerl. I know you can grab sequence information, but I want the entire GenBank record.

我有一个 perl 脚本来自动化许多多重对齐（我首先制作脚本，只有一个文件和一个多重对齐 - 虽然很大。然后我可以修改多个文件）并且我想输出结果文件，但我我不确定如何使用 AlignIO：到目前为止，我有：

对齐完成后，我有 $aln 这是我想作为 fasta 文件退出该过程的对齐 - 我尝试了类似的东西：

但它不起作用，大概是因为方法 next_aln() 仅适用于 AlignIO 事物，而 $aln 可能不是。所以我需要知道该行生成的是什么my $aln = $factory->align($seq_array_ref);以及如何将对齐的序列输出到文件中。我的下一步是树估计或网络分析。

谢谢，本。

我有以下 fasta 文件：

我想遍历 FASTA ，在它遇到的所有“R”处拆分蛋白质序列，这将生成肽，然后对肽进行分解。从blastp 获取结果并将blastp 结果存储在fasta 文件中每个蛋白质ID 的单独文件中。我对使用什么语言并不特别。我想了解如何做到这一点，以便我可以在其之上构建更多功能。谢谢！

我正在尝试使用 bioperl 从 newick 树中删除一个节点。树文件包含以下数据：

（（（A：5，B：5）90：2，C：4）25：3，D：10）；

下面是代码：

输出：1；

所以 remove_Node 正在工作，但问题是当我打开树文件时，我发现节点仍然存在！...... 代码有什么问题？如何从树中删除节点？

提前致谢。

这段代码工作正常，但现在它抱怨，genbank 结构改变了吗？

大家好，我在使用 Perl 模块时遇到问题，因为我正在使用此模块从包含多组信息的平面文件中检索某些特定行，正如我在代码中提到的那样。（这是 Bio::Parse 的示例代码::SwissProt.pm）。但问题是，每当我们使用这段代码时，它的 Refs 语句都会出现问题。它在第 345 行尝试修改只读值时出错。c:/wamp/bin/perl/site/lib/bio/parse/swissprot.pm输入文件如下所示

输入文件（平面文件）

脚本部分 C:/wamp/bin/perl/bin/perl.exe

输出应该像

I'm kind of new to Perl and I am comparing 2 strings of different size containing DNA nucleotides. I want the script to take the smaller string and locate it in the much larger string allowing for mismatches and providing me with the sequence it found in the larger string plus adjacent 5 nucleotides on either side.

So for example if I have 2 strings:

I want the script to take #1 and find the same sequence in #2 which is present but with 2 mismatches, along with 5 nucleotides on either side.

我正在尝试使用收到此消息的as_text方法： 我正在使用此处的示例Bio::Tree::Treecan't locate object method as_text via package Bio::Tree::Tree

请注意，我在同一个包中尝试了其他方法，它们工作正常。

给出这个print Dumper($input)结果：

这里是Print Dumper ($tree)

有错误吗？或者这是一个错误？提前致谢

我一直在尝试使用 BioPerl 编写代码，该代码将查询 Genbank 中的特定蛋白质，然后将结果打印到 fasta 文件中。到目前为止，我的代码可以工作，我可以将结果打印到屏幕上，但不能打印到文件中。我在 BioPerl 网站和其他来源（CPAN、PerlMonks 等）上进行了大量研究，但我没有找到任何可以解决我的问题的方法。我了解如何从文件中读取内容，然后将输出打印到新文件（使用 SeqIO），但我遇到的问题似乎是我希望程序读取的内容未存储在文本或 FASTA 文件中，但是是数据库查询的结果。帮助？我是一个初学者，对 Perl/BioPerl 和一般编程很陌生。

这是我到目前为止的代码：

所以，我想在最后一行做的不是打印到屏幕上，而是打印到 fasta 格式的文件。

谢谢，~杰

我正在尝试使用以下 Perl 代码连接到 Ensembl API：

Bioperl 和 CPAN 都是使用 Ensembl API 所必需的，我很确定它们已正确安装在我的 Ubuntu 上。我还将所需的模块添加到 PERL5LIB 环境变量中。尽管如此，我还是收到以下错误消息：

这是脚本用于连接 Ensembl 数据库的注册表文件：