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我有一个 perl 脚本来自动化许多多重对齐（我首先制作脚本，只有一个文件和一个多重对齐 - 虽然很大。然后我可以修改多个文件）并且我想输出结果文件，但我我不确定如何使用 AlignIO：到目前为止，我有：

use warnings;
use strict;
use Bio::AlignIO;
use Bio::SeqIO;
use Bio::Tools::Run::Alignment::Clustalw;

my $file = shift or die; # Get filename from command prompt.
my $factory = Bio::Tools::Run::Alignment::Clustalw->new(-matrix => 'BLOSUM');
my $ktuple = 3;
$factory->ktuple($ktuple);

my $inseq = Bio::SeqIO->new(
                    -file => "<$file",
                    -format => $format
                   );

my $seq;
my @seq_array;
while ($seq = $inseq->next_seq) {
    push(@seq_array, $seq);
}

# Now we do the actual alignment.
my $seq_array_ref = \@seq_array;
my $aln = $factory->align($seq_array_ref);

对齐完成后，我有 $aln 这是我想作为 fasta 文件退出该过程的对齐 - 我尝试了类似的东西：

my $out = Bio::AlignIO->new(-file => ">outputalignmentfile",
                         -format => 'fasta');
while( my $outaln = $aln->next_aln() ){
    $out->write_aln($outaln);
}

但它不起作用，大概是因为方法 next_aln() 仅适用于 AlignIO 事物，而 $aln 可能不是。所以我需要知道该行生成的是什么my $aln = $factory->align($seq_array_ref);以及如何将对齐的序列输出到文件中。我的下一步是树估计或网络分析。

谢谢，本。

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1 回答 1

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$out->write_aln($outaln); 是唯一需要写入 clustalw 行返回的对象以将对象输出到该流的行。

于 2013-05-24T00:43:56.627 回答