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基本上，GenBank 文件包含基因条目（由“基因”宣布，然后是其相应的“CDS”条目（每个基因只有一个），就像我在下面展示的两个一样。我想在制表符分隔中获取 locus_tag 与产品两列文件。“基因”和“CDS”总是前后有空格。

上一个问题建议了一个脚本。

问题在于，似乎因为“产品”有时在其名称中包含“/”字符，因此它与该脚本有冲突，据我所知，它使用“/”作为字段分隔符将信息存储在大批？

我想解决这个问题，要么修改这个脚本，要么构建另一个。

我可以手动下载一个 FASTA 文件，如下所示：

通过单击“发送至”并选择“基因特征”，FASTA Nucleotide 是此页面上唯一的选项（这很好，因为这就是我想要的）。

使用这样的脚本：

我得到一个看起来像这样的文件：

将整个基因组序列集中在一起。如何获取第一个（手动下载的）文件中的信息？

我看了其他几个帖子：

• 如何在 biopython entrez.esearch 中下载完整的基因组序列（这个答案似乎很相关）
• 如何仅使用登录号下载整个 GenBank 文件？

以及EUtilities Cookbook 中的这一部分。

我尝试获取并保存一个 GenBank 文件（因为我得到的 .gb 文件中的每个基因似乎都有单独的序列），但是当我使用 Bio::SeqIO 处理它时，我只会得到一个大序列。

我编写了一个 perl 程序来查找给定 DNA 字符串中的百分比 GC 内容。但是程序正在执行错误情况（条件语句的其他部分）

请帮忙。

我有一个描述基因组区域的文件，如下所示：

基本上，PGB 描述了以染色体编号 (chrom)、开始 (chromStart) 和结束 (chromEnd) 坐标为特征的基因组区域的类别。

我希望折叠重叠区域，使 PGB = 1 和 2 的重叠区域属于新类别，PGB = 3。输出为：

基本上我希望获得一个报告独特区域的输出文件。有两个标准。

首先，如果行之间的 PG​​B（第 4 列）相同，则合并范围。例如。

输出

其次，如果行之间的 PG​​B 不同，chr（第 1 列）相同，并且范围重叠（col2 和 3），则将重叠范围报告为 PGB = 3 以及它们各个类别的唯一范围。

例如。

输出

我希望这能更好地说明问题。

我有一个包含 7 列的文件，一个具有染色体区域的 GFF 文件。我想将 REGION ="exon" 的行折叠到文件中的一行。必须根据每个区域重叠的区域折叠该行其他。

看上面的示例数据，只有最后两行可以合并为一行。所以，新行将成为。

万一，另一行的结尾会大于它的前一个，在这种情况下，那将是 END 区域。基本上，如果有任何重叠，则取较早开始的区域和较晚结束的区域。

这样的实例可以有多行，这里只有最后 2 行。一件事是 ATRRIBUTE 列肯定会为这些行显示不同的成绩单名称，在其他情况下基本相同。

我必须在 Python 中执行此操作，而且我是 Python 的初学者。

我无法通过 cpanm 安装 BioPerl 模块。和

输出说：

添加时 --force 它说：

所以我不确定我现在是否可以正确使用 BioPerl？我可以简单地忽略测试失败吗？我已经尝试过重新安装 CPAN

在 CPAN 提示符中，但结果是一样的。我正在使用 Perl V5.14.2 和 cpanm -v 给我带来：

我很高兴得到任何帮助，因为我完全是 Linux 新手。

我正在尝试将 SNP 绘制到基因（或以下）上。我的代码如下：

每当我运行这个脚本时，我只会打印一行。

打印所有值的错误在哪里@SNPs？另外，有没有办法打印^而不是块？

我安装了 Bioperl 并且工作正常。然后安装 Bio::Tools::Run::Phylo::Phyml 并且它在终端上运行良好。

但是，当我从浏览器调用包含它的相同脚本以使用 CGI 方法时，我收到此错误：

无法在 @INC 中找到 Bio/Tools/Run/Phylo/Phyml.pm（@INC 包含：/etc/perl /usr/local/lib/perl/5.14.2 /usr/local/share/perl/5.14. 2 /usr/lib/perl5 /usr/share/perl5 /usr/lib/perl/5.14 /usr/share/perl/5.14 /usr/local/lib/site_perl . /etc/apache2) 在 /var/www/Adol /mafToPhyML1.pl 第 14 行。\nBEGIN 失败--编译在 /var/www/Adol/mafToPhyML1.pl 第 14 行中止。

我从 error.log 收到这条消息

我试图BioPerl在没有 root 的情况下在我的 PC 上安装新版本，并收到有关所需模块版本太旧的错误。所以我将它们安装到一个自定义目录中。

是否有可能在 --install_base 旁边设置一个库参数以进行安装？README 和 INSTALL 说明只是为使用 的安装提供了它cpan，这对我来说是没有选择的。

谢谢

我的尝试：

1.

2.

3.

我正在尝试在版本 5.20.0 的 Perl 环境中安装 Bioperl 包，但我无法进入这些东西。网站的想法和建议各不相同，这对我来说会很不安。请建议我在 Ubuntu 12.04LS 中安装 Bioperl 的协议。