问题标签 [ncbi]

我已经构建了 UI，它就像一个用于 BioProcess/Disease--> Genes 的搜索引擎。例如，用户可以查询：“干细胞”或“脑肿瘤”，结果将给出 50 到 5000 个 GeneID（本质上是代表 NCBI 数据库中唯一基因的数字）。

它是免费的，你可以试试： http: //proteogenomics.musc.edu/genemesh/

现在，问题是我喜欢那些 GeneIDs 到 NCBI 站点一次。对于多达 200 或 400 个 GeneID，我可以获得很好的结果。但是对于超过 500 个 GeneID，我会收到“URI TOO LARGE”错误，或者 NCBI 网站无法接受巨大的查询。我正在尝试解决这个问题。

Javascript, OnClick 可以在 UNIX /tmp 文件中写入文件吗？或者有没有更好的解决方案？

在这一点上，任何帮助/指南都很棒......

非常感谢你，索林

网址过长：

http://view.ncbi.nlm.nih.gov/gene/30980,31208,31442,31789,32083,32855,33156,33392,33498,34309,35197,35974,36057,38545,38701,42945,43162, 43256,43288,43739,44900,45339,45775,3772082,260437,393632,406845,379537,379620,399306,100037057,100037058,100037249,10,40,43,60,104,133,174,182,185,186,187,197,207,208,210,238,240,269,284,285,317,324,328,332,335,351,355,356,358,361,366,379,387,388,396,429,462,466,472,482,558,567,573,575,576,577,581,595,596,598,604,648,650,664,672,673,675,706,712,754,761,768,771,800,836,841,842,847,857,860,875,885,889,890,891,902,960,970,978,983,999,1000,1018,1019,1021,1025， 1026,1027,1029,1030,1031,1051,1082,1111,1116,1124,1131,1152,1231,1234,1272,1282,1284,1285,1286,1287,1288,1316,1432,1457,1459, 1462,1464,1471,1474,1485,1490,1493,1499,1508,1512,1520,1543,1545,1571,1594,1600,1605,1612,1620,1622,1630,1633,1638,1641,1643, 1649,1728,1755,1756,1803,1809,1814,1839,1854,1869,1909,1910,1942,1950,1956,1969,2012,2013,2014,2019,2020,2022,2034,2035,2044,2045,2046, 2048,2050,2051,2052,2064,2066,2067,2068,2071,2100,2149,2166,2173,2246,2247,2250,2251,2254,2260,2263,2264,2272,2289,2290,2305, 2308,2309,2321,2335,2475,2542,2547,2574,2579,2621,2627,2670,2734,2735,2736,2737,2738,2740,2849,2890,2896,2901,2908,2925,2932, 2936,2939,2944,2947,2950,2952,2956,3073,3074,3082,3090,3091,3104,3105,3106,3115,3122,3123,3146,3161,3162,3181,3191,3215,3240, 3265,3309,3315,3324,3371,3373,3383,3384,3397,3398,3417,3479,3480,3481,3482,3485,3486,3487,3491,3553,3558,3561,3565,3566,3569, 3574,3575,3596,3597,3598,3603,3611,3621,3630,3632,3645,3672,3685,3688,3717,3732,3738,3741,3766,3785,3791,3814,3815,3845,3897, 3910,3912,3913,3915,3918,3925,3945,3956,3958,3981,3987,4035,4087,4088,4089,4133,4137,4145,4147,4152,4155,4172,4175,4192,4193,4194,4241,4255,4267,4288,4292,4303,4312,4313,4314,4316,4318,4320,4321,4323,4327,4350,4436,4440,4524,4548,4549, 4552,4574,4601,4609,4654,4684,4691,4735,4745,4763,4771,4790,4804,4807,4808,4829,4830,4843,4851,4856,4893,4907,4914,4915,4916, 4950,4978,4982,5015,5028,5030,5054,5080,5111,5118,5154,5155,5156,5159,5178,5241,5243,5266,5274,5276,5290,5294,5295,5328,5329, 5334,5340,5395,5444,5468,5536,5538,5563,5566,5578,5579,5580,5581,5583,5584,5591,5594,5595,5599,5602,5629,5653,5663,5702,5708, 5713,5725,5727,5728,5730,5743,5745,5747,5764,5781,5803,5805,5834,5835,5879,5880,5881,5888,5894,5898,5899,5900,5915,5921,5925, 5934,5970,5978,5981,5992,6048,6091,6118,6165,6195,6275,6278,6284,6347,6382,6387,6​​416,6464,6469,6490,6502,6506,6507,6513,6598, 6606,6608,6622,6647,6648,6649,6657,6659,6660,6662,6663,6664,6667,6670,6678,6695,6697,6714,6717,6770,6772,6774,6790,6853,6855,6863,6892,6900,6948,7012,7013,7015,7018,7020,7025,7040,7042,7054,7057,7076,7078,7105,7124,7153,7157,7161,7168, 7175,7185,7186,7248,7249,7258,7262,7276,7277,7283,7298,7422,7428,7431,7442,7447,7468,7474,7490,7508,7515,7517,7518,7520,7525, 7545,7799,7849,7852,7980,8028,8038,8061,8089,8140,8190,8301,8372,8484,8507,8577,8605,8650,8678,8682,8692,8718,8737,8741,8742, 8743,8745,8754,8771,8772,8788,8795,8797,8811,8828,8829,8841,8842,8848,8851,8862,8871,8877,8928,8930,9077,9100,9113,9141,9148, 9156,9173,9211,9212,9232,9334,9353,9423,9429,9444,9445,9447,9459,9507,9518,9535,9545,9588,9681,9806,9833,9844,9961,10036,10153 10209101050111010101010101010101050105051050107010505505505505550555550555555555155 11095,11096,11141,11156,11162,11186,11191,11200,11235,11284,22865,22933,22943,23136235055855 ,,2.23155858858585858585858585858585858585585585858555585855858585585585588555855555855885 291085 ,,512905085 ,,512915185085 ,,51251851851851851518515185.51515151851851851518518515 54850555 ,,55055555 ,,5.5555855558558555855558558558555785555578555578575558558575855557858555755755555785555755557585855585557555557855855578555555755855557555855555575 80309858858804858 ,,880480488048585885885858585858858585885858585858585858585858585855855855855855855858558558555 129787,139065,140885,146691,146956,160728,162979,163732,200895,253260,253738,259266,284217,284459,286527,338030,342945,375790,399473,406907,406991,407043,646555,728239,100133941， 403412,396562,396783,751862,100125840,100125841,282862,100008679,11539,11545,11601,11622111790118211178117811117817801178011780117811781178117811781178178117817811781178117817811781785181781178111781781178117811781178178117811785 12578,126061111111111111,1111111111111111,111111111111111111111111384611,1386611450,14802,1439711111111111111111111115111151151145 14634,14714111111111111111111111111111111111111111155114811859118511481855 17920,18008,18125,1818,18181818208,18386,18507,1801,18595,18616,18708,18787,80792,187995,807,18808,18595,1860，185.18708,18787,80792,18793,8096,18908,18787,80792,18993,18996,1899793,18996,18997,19090,19118,19122， 19206,192111950 ,19508080 ,191119080895 ,19811980859598598595985985985985985985 21948,22059,22339,22596,22612,23796,26362,26413,26417,26434,30878,30957,50490,50913,50914,54725,55992,56458,567111111111111111111111111111111111111111111111111111111111185.8908556451855609085 23228625454504545468045 ,,2454680454545454545545455455454555455454545 2526580560568056805056805055454560554580554554545545545545545455454554545545545505545454555055455545455055545455055454550554545 5908685 ,,8185085 ,,8185888085 ,,818584578588588584578578578585785885785785785885885785785785885785785785888585857857857857858857858885885858858857 117273,170568,192248,292994,297893,306464,308435,338474,360457,362317,369119,2828259,155871,156110,908122,4981003,4981004,4981005,4981006,4981007,4981008,4981009,4981010,4981011,4981012， 4981013,4981014,4981015,4981016,4981017,4981018,4981019,4981020,4981021,4981022,4981023,4981024,4981025,4981026,4981027,4981028,4981029,4981030,4981031,4981032,4981033,4981034,4981035,4981036,4981037,4981038,4981039,4981040,4981041,4981042,4981043， 4981045,4981046,4981047,4981048,4981049,4981050,4981051,4981052,4981053,4981054,4981055,4981056,4981057,4981058,4981059,4981060,4981061,4981062,4981063,4981064,4981065,4981066,4981067,4981068,4981069， 4981070,4981071,4981072,4981073,4981074,4981075,4981076,4981077,4981078,4981079,4981080,4981081,4981082,4981083,4981084,4981085,4981086,4981087,4981088,4981089,4981090,4981091,4981092,4981093,4981094， 4981095,4981096,4981097,4981098,4981099,4981100,4981101,4981102,4981103,4981104,4981105,4981106,4981107,4981108,4981109,4981110,4981111,4981112,4981113,4981115,4981116,4981117,4981118,4981119,4981120， 4981121,4981125,4981126,4981128,4981129,4981130,4981131,49811498114981114981149811498114981149811498114981149811498114981114981149811981149811981149811498114981198114981198119811981198119811981198119811981198119811981198119811981149811981198119811981198114981198115 49811011011111111011111111111111111111111111179811811811811811117981168118118118111798111681181181181181181181168 4981183,4981184,4981185,4981186,4981187,4981188,4981189,4981190,4981191,4981192,4981193,4981194,4981195,4981196,4981197,4981198,4981199,4981200,4981201,4981202,4981203,4981204,4981205,4981206,4981207， 4981208,4981209,4981210,4981211,4981212,4981213,4981214,4981215,4981216,4981217,4981218,4981219,4981220,4981221,4981222,4981223,4981224,4981225,4981226,4981227,4981228,4981229,4981230,4981231,4981232， 4981233,4981234,4981235,4981236,4981237,4981238,4981239,4981240,4981241,4981242,4981243,4981244,4981245,4981246,4981247,4981248,4981249,4981250,4981251,4981252,4981253,4981254,4981255,4981256,4981257,4981258,4981259,4981260,4981261,4981262,4981263,4981264， 4981265,4981266,4981267,4981268,4981269,4981270,4981271,944996,946069

如何在NCBI C++ Toolkit应用程序中设置版本号？

我的意思是当我使用参数 -version 启动程序时显示的版本号。

我通读了文档，但还没有找到。

（我知道这是一个非常具体的问题，但我认为值得一试）

我试图只从 NCBI xml BLAST 文件中提取第一个命中。接下来我想只获得第一个 HSP。在最后阶段，我想根据最好成绩获得这些。为了清楚起见，这里有一个 xml 文件的示例：

基本上每个查询搜索都会创建一个迭代元素。每次迭代都可以有多个命中，而这些命中又可以有多个 HSP。我只想获得第一个命中，它是每次迭代的第一个 HSP。如果 BLAST 没有找到命中，我想忽略迭代。我编写了这个简单的代码：

任何帮助将不胜感激！

我尝试使用 downloadURL 函数获取以下 url，如下所示：

http://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/27884304

但是数据不是我们通过浏览器可以看到的，现在我知道是因为需要一些正确的信息（例如浏览器类型）。如何知道需要设置哪些信息，如何设置？（通过 setHeader 函数或其他方式？？）

在VC++中，我们可以使用CInternetSession和CHttpConnection对象来获取正确的数据，而无需设置任何其他详细信息，Qt或其他跨平台C++网络库中是否有类似的方法？（是的，我需要跨平台属性。）

通过VC，我们可以做到这一点，那么正确的数据就在CHttpFile中。

我正在尝试查找带有基因名和染色体位置的gene_info 文件。但是，我似乎无法在 NCBI FTP 站点上找到它。谁能给我指点？

更新：答案中的链接既有趣又有用，但不幸的是没有解决对 java API 的需求，所以我仍然期待任何输入。

我正在建立一个化合物数据库。我需要所有同义词（IUPAC 和通用名称）以及每个同义词的安全数据。
我将使用 PubChem (http://pubchem.ncbi.nlm.nih.gov/) 上免费提供的数据

有一种简单的方法可以通过简单的 HTTP 获取来查询每个化合物。例如，要获取甘油数据，URL 是：

以下 URL 将返回一个易于解析的格式：

但它只会响应非常基本的信息，缺乏安全数据和几个常用名称。

有一个用于 JAVA 的公共领域 API，看起来非常完整，由 Scripps 的一个小组开发（引用）。代码在这里。

不幸的是，这个 API 没有很好的文档记录，并且由于所涉及的数据的复杂性而很难遵循。对于我收集的信息，pubchemdb 正在使用PubChem Power User Gateway (PUG) XML API

有没有人使用过这个 API（或任何其他可用的 API）？我将不胜感激有关如何开始使用它的简短描述或教程。

我想获得 BLAST 结果的前 10 个序列（只是序列，没有比对或分数或 e 值等）。我正在输入一个包含 5 个 fasta 文件的文本文件。所以我的输出应该是每个 fasta 文件的前 10 个爆炸命中。因此我的输出文件将有 50 个序列。

我正在通过 Bio.SeqIO 读取每个输入的 fasta 文件，将其写入 temp.faa，然后通过子进程将其传递给命令行 BLAST

输出有很多其他信息。我现在应该解析这个输出还是有更好的方法。

谢谢

PS XML 可能是一种方法，但我没有找到相关的 NCBIXML 解析器语法。

我正在尝试使用 SimpleXML 来读取一些 NCBI BLAST XML 输出，并且我能够访问一些输出，但不能访问它的其他位。

这是 XML 的相关部分（为了便于阅读，删除了一些不相关的部分）：

这是我的代码（注意：$qdef 和 $qlen 的到达方式不同，以确保我在设置/使用 $output 变量时没有犯一些愚蠢的错误）：

这是输出：

如果我删除 Iteration_query-def 和 Iteration_query-len 周围的 {''}，它会将它们视为整数并为两者返回零。

难道我做错了什么？除了 BlastOutput_program 位和其他两个变量之间的 {''} 东西之外，我无法弄清楚我在做什么不同。但是，如果我将 {''} 内容添加到 BlastOutput_program，它仍然可以正常工作并为此产生正确的输出。这是怎么回事？

更新：它使用 xpath 工作，如下所示：

但我仍然很想知道这是否是唯一的方法，或者是否有办法像我上面展示的那样做。

我正在尝试生成处理此处记录的 SOAP 服务的文件：http: //www.ncbi.nlm.nih.gov/books/NBK55699/

但是 wsimport 失败了：

但是，我测试的 WSDL 验证器没有显示任何错误（http://xmethods.net/ve2/Tools.po，http://www.validwsdl.com/ ...）

我该如何解决这个问题？

谢谢，

是否可以通过 ncbi api 将 pmc-ids (pubmed central ids) 转换为 pmids (pubmed ids)？你可以通过网络表单来做，但我想使用一个程序——当然我总是可以写一个屏幕刮板......谢谢