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是否可以通过 ncbi api 将 pmc-ids (pubmed central ids) 转换为 pmids (pubmed ids)？你可以通过网络表单来做，但我想使用一个程序——当然我总是可以写一个屏幕刮板......谢谢

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您可以使用来自 NCBI Entrez Programming Utilities ( E-utilities )的EFetch将 pubmed 中心 id 转换为 pubmed id 。可以从任何可以读取和解析数据的编程语言中使用 EFetch 。HTTPXML

例如，如果您列表中的一篇文章是：

王TT等 J生物化学。2010 年 1 月 22 日；285(4):2227-31。
PubMed PMID：19948723 PubMed 中央 PMCID：PMC2807280

您可以从以下 EFetch url 获取 XML 文档：

“http://eutils.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/eutils/efetch.fcgi?db=pmc &id= 2807280 &rettype=medline&retmode=xml ”

XML 文档包含 PubMed ID：

<pmc-articleset>
   <article>
     <front>
        <article-meta>
            <article-id pub-id-type="pmc">2807280</article-id>
            <article-id pub-id-type="pmid">19948723</article-id>

在 perl 中将 pmid 转换为 pmid 的一种方法是：

#!/usr/bin/perl
# pmcid2pmid.pl -- convert a pubmed central id to a pubmed id with EFetch 
# http://eutils.ncbi.nlm.nih.gov/corehtml/query/static/efetchlit_help.html

use strict;
use warnings;
use LWP::UserAgent;    # send request to eutils.ncbi.nlm.nih.gov
use XML::Smart;        # parse response

# check parameter
my ($id) = @ARGV;
if ( not(defined($id))  ) { 
    print STDERR "must provide a pmcid as 1st parameter...\n";  
    exit(-1);
}    

$id =~ s/PMC//;
sleep(3);  #  recommended delay between queries

# build & send efetch query
my $efetch= "http://eutils.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/eutils/efetch.fcgi?";
my $efetch_query = "db=pmc&id=$id&rettype=medline&retmode=xml";
my $url = $efetch.$efetch_query;

my $xml  = XML::Smart->new($url);
##print $xml->dump_tree(),"\n";

# parse the response
$xml = $xml->{'pmc-articleset'}->{'article'}->{'front'}{'article-meta'};
my $pmid   = $xml->{'article-id'}('pub-id-type','eq','pmid')->content; 

print STDOUT "PMID = $pmid";

>perl pmcid2pmid.pl PMC2807280
PMID = 19948723

于 2012-02-12T05:46:18.180 回答