问题标签 [blast]
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bioinformatics - 使用 BioPython 运行 BLAST 查询
我想
- BLAST 几个序列
- 从每个查询中检索前 100 个左右的命中
- 汇集下载的序列
- 删除重复项
我如何在 BioPython 中做到这一点？
cluster-computing - Running BLAST through XGrid
Does anyone have any experience running BLAST with XGrid?
Googling reveals a tool called 'Xgrid BLAST' existed but not where to get.
translation - Unicode 字符串上的快速序列对齐
我想运行类似 BLAST 算法的东西来查询一个大型的 unicode 字符串数据库。大多数比对软件（如 BLAST）都需要核苷酸或蛋白质字符串作为输入。但我的输入可能包含任何 Unicode 字符。有人知道可以让我这样做的软件吗？评分矩阵可能只是单位矩阵（没有部分匹配。）
我尝试过 Needleman-Wunsch 和 Smith Waterman，但就我的目的而言，它们太慢了。我需要查询一个大型数据库，就像在 BLAST 中一样。
谢谢！
python - BLAST对齐算法的Python实现？
有人知道BLAST对齐的纯python实现吗？我正在尝试研究这个算法......
iphone - iPhone 编程：如何使用 URL 的 API（例如 BLAST）
我是 iPhone 编程的新手，希望能够从 iPhone 使用 BLAST（是一个生物信息学服务器）URL 的 API。我想编写一个非常简单的应用程序来查询 BLAST 服务器并进行一些查询。我找到了以下内容 我在 BLAST ( http://www.ncbi.nlm.nih.gov/BLAST/Doc/urlapi.pdf ) 上找到了以下文档。
我不确定我应该从哪里开始。我查看了以下关于 Mac OS X 和 iOS 安全概念的内容（http://developer.apple.com/iphone/library/documentation/Security/Conceptual/Security_Overview/Concepts/ Concepts.html）然后找到 CFNetwork 库（http://developer.apple.com/iphone/library/documentation/Networking/Conceptual/CFNetwork/Introduction/Introduction.html）。
但我真的不知道从哪里开始..
理论上，我想从 .mm 类方法中查询 BLAST url API（所以我可以使用标准 C），然后在普通视图中显示结果。
任何人都可以在这些第一步中指导我吗？
最好的问候和非常感谢！
bioinformatics - 以编程方式获取 blastn 数据库
有没有办法以编程方式获取“选择搜索集”框中列出的数据库？也许是 XML 格式？（使用的编程语言无关紧要）
verification - 我应该使用计算机辅助验证工具吗？
我有兴趣证明一些机器人控制器没有达到任何故障状态，我将通过一组谓词来定义它。我知道有开源软件工具可以实现这一目标。例如，我听说过BLAST（Berkeley Lazy Abstraction Software Verification Tool），但您是否知道任何其他可能更易于使用和/或更针对我的特定应用程序的工具？
您是否曾经在您的一个项目中使用过 BLAST 或其他此类工具，您是否认为收益超过部署此类工具所需的努力？
bioinformatics - 不同的爆破工具
我目前正在寻找商业与非商业爆炸工具。我已经多次使用 NCBI 爆炸进行本地爆炸搜索，但现在我正在寻找有趣的替代方案。在搜索过程中，我发现了一些有趣的结果，例如 CUDA-Blast、GPU-Blast、WU-Blast、BlastStation2、mpiBlast 和 Turboblast。任何人都使用过这些工具？或者有没有我错过的类似工具，例如 BlastStation2？我错过了任何重要的商业或非商业爆炸工具吗？
我真的很感谢你的帮助。
谢谢，
贝思
python - 获得 BLAST 结果的前 10 个序列 Bio Python
我想获得 BLAST 结果的前 10 个序列（只是序列，没有比对或分数或 e 值等）。我正在输入一个包含 5 个 fasta 文件的文本文件。所以我的输出应该是每个 fasta 文件的前 10 个爆炸命中。因此我的输出文件将有 50 个序列。
我正在通过 Bio.SeqIO 读取每个输入的 fasta 文件，将其写入 temp.faa，然后通过子进程将其传递给命令行 BLAST
输出有很多其他信息。我现在应该解析这个输出还是有更好的方法。
谢谢
PS XML 可能是一种方法，但我没有找到相关的 NCBIXML 解析器语法。
xml - 使用 SimpleXML 解释 BLAST XML 输出——连字符问题？嵌套对象访问语法问题？
我正在尝试使用 SimpleXML 来读取一些 NCBI BLAST XML 输出，并且我能够访问一些输出，但不能访问它的其他位。
这是 XML 的相关部分（为了便于阅读，删除了一些不相关的部分）：
这是我的代码（注意：$qdef 和 $qlen 的到达方式不同，以确保我在设置/使用 $output 变量时没有犯一些愚蠢的错误）：
这是输出：
如果我删除 Iteration_query-def 和 Iteration_query-len 周围的 {''}，它会将它们视为整数并为两者返回零。
难道我做错了什么？除了 BlastOutput_program 位和其他两个变量之间的 {''} 东西之外，我无法弄清楚我在做什么不同。但是，如果我将 {''} 内容添加到 BlastOutput_program，它仍然可以正常工作并为此产生正确的输出。这是怎么回事？
更新：它使用 xpath 工作，如下所示：
但我仍然很想知道这是否是唯一的方法，或者是否有办法像我上面展示的那样做。