问题标签 [blast]

我正在尝试生成处理此处记录的 SOAP 服务的文件：http: //www.ncbi.nlm.nih.gov/books/NBK55699/

但是 wsimport 失败了：

但是，我测试的 WSDL 验证器没有显示任何错误（http://xmethods.net/ve2/Tools.po，http://www.validwsdl.com/ ...）

我该如何解决这个问题？

谢谢，

我有兴趣从 FASTA 格式的 BLAST 输出中获取无间隙序列。我以为我可以使用hsps_no_gap，但它不起作用。有什么方法可以用来完成这项工作吗？

我在 stackexchange 的生物信息学版本上问了这个问题，但由于我认为这是一个计算机问题，我想我应该在这里碰碰运气。

在大型数据库（所有人类蛋白质）上运行本地 BLAST（v2.2.24+）时，出现以下错误：

谷歌搜索时，我只找到了 seqdbatlas 的源代码：http ://www.ncbi.nlm.nih.gov/IEB/ToolBox/CPP_DOC/lxr/source/src/objtools/blast/seqdb_reader/seqdbatlas.cpp其中我成立：

我对 C++ 的了解是有限的，但我从中得到的是，PC 上没有足够的内存来运行 BLAST 超过那个大小的数据库。这是正确的吗？如果是这样，有没有办法在不使用更大内存的计算机的情况下运行这个 BLAST？如果不正确，我得到的错误是什么？

在此先感谢，尼克

我知道 BLAST（基本局部对齐搜索工具）的设计目的。但我对使用这种高级文本比较及其最终效果很感兴趣。

我在 apche2 服务器上运行一个本地爆炸程序......但它向我显示错误。 - - - - - - - - - - - 警告 - - - - - - - - - - -

味精：找不到爆破的路径

我的代码是..

当我在终端中运行相同的代码时，它工作正常......并显示 mw 正确的结果......请帮助我......如何在 apche2 服务器中运行本地 balst 程序......

我有以下 XML 文件。我想从文件 out.xml 中获取 VB.NET 中标签HSP下的第一个Hsp_qseq、Hsp_hseq 和 Hsp_midline的值

我正在尝试以下代码，但我不知道我调用了多少次 .Read 函数。

还是有更好的方法来做到这一点？

谢谢

我怎样才能做到这一点？我使用 Biopython 并且已经看过手册。当然，我可以在独立的 NCBI BLAST+ 中使用“makeblastdb”从 FASTA 制作blastdb，但我想在一个程序中完成整个过程。

似乎有两种可能的解决方案。

1. 找到执行这项工作的功能。

   我找不到这个。我已经度过了一整天。

2. 在 python 中运行“makeblastdb”。

   我在我的 python shell 中输入 os.system("C:\blast-2.2.25+\bin\makeblastdb.exe") ，但我无法提供任何参数。

我是 perl 初学者，请帮助我完成查询...我正在尝试从爆炸表中提取信息（如下所示）：这是标准的爆炸表输入...我基本上想提取读取列表中的任何信息（看看我下面的第二个脚本，以了解我想要做什么）......无论如何，这正是我在第二个脚本中所做的：

输入：

1) 爆破台：

2）阅读列表：

3）我想要的输出：

我想要第一个列表中的信息子集，给定我要提取的读取名称列表（在第 4 列中找到）而不是散列读取列表（仅？）我想散列爆炸表本身，并使用（爆炸表的）第 4 列中的信息作为键来提取每个键的值，即使该键可能具有多个值（即：每个读取名称实际上可能有多个命中，或关联表中的爆炸结果），请记住，该值包括其中包含该键（读取名称）的整个行。

我的 greplist.pl 脚本可以做到这一点，但是非常慢，我认为，（如果我错了，请纠正我）通过将整个表加载到哈希中，这应该会大大加快速度......

感谢您的帮助。

我的剧本：破碎的剧本 (mambo5.pl)

缓慢而快速的作弊（有效）并且非常慢（我的爆炸表可能大约 400MB 到 2GB 大，我相信你可以明白它为什么这么慢）

我不知道如何将第 4 列定义为键：也许我可以使用 split 函数，但我试图找到一种方法对超过 2 列的表执行此操作无济于事...请帮助！如果有一个简单的方法，请告诉我

谢谢 ！

我需要知道查询匹配了哪些主题以及在哪里匹配，并且该匹配必须是 100%。有没有办法使用blastall来做到这一点？

谢谢。

我有本地数据库驱动的网站，其中包含一些通过其 GI 编号唯一标识的序列。是否可以在给出 GI 的情况下直接链接到“NCBI 爆炸站点”。例如 GI 903049 的序列有这个链接：

http://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/903049

它链接到这个爆炸页面：

http://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi?PAGE=Nucleotides&PROGRAM=blastn&QUERY=U22848.1&DATABASE=nr&MEGABLAST=on&BLAST_PROGRAMS=megaBlast&LINK_LOC=nuccore&PAGE_TYPE=BlastSearch

我想直接链接到这个网站而不必去NCBI。谢谢。