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我在 stackexchange 的生物信息学版本上问了这个问题，但由于我认为这是一个计算机问题，我想我应该在这里碰碰运气。

在大型数据库（所有人类蛋白质）上运行本地 BLAST（v2.2.24+）时，出现以下错误：

proteinsApplicationError: Command 'blast-2.2.24+/bin/blastp.exe -query "query.fasta" -
db "human-proteins.fasta" -out blastOutput.xml -evalue 0.01 -outfmt 5'       
returned     non-zero exit status 2, 'BLAST Database error: CSeqDBAtlas::MapMmap: 
While mapping file [human-proteins.fasta.psq] with 5550749 bytes allocated, caught 
exception:'

谷歌搜索时，我只找到了 seqdbatlas 的源代码：http ://www.ncbi.nlm.nih.gov/IEB/ToolBox/CPP_DOC/lxr/source/src/objtools/blast/seqdb_reader/seqdbatlas.cpp其中我成立：

1214         if (expt.length()) {
1215             // For now, if I can't memory map the file, I'll revert to
1216             // the old way: malloc a chunk of core and copy the data
1217             // into it.
1218             
1219             if (expt.find(": Cannot allocate memory") == expt.npos) {
1220                 expt = string("CSeqDBAtlas::MapMmap: While mapping file [") + 
                 (*m_Fname) + "] with " +
1221                     NStr::UInt8ToString(atlas->GetCurrentAllocationTotal()) +
1222                     " bytes allocated, caught exception:" + expt;
1223                 
1224                 SeqDB_ThrowException(CSeqDBException::eFileErr, expt);
1225             }
1226         }

我对 C++ 的了解是有限的，但我从中得到的是，PC 上没有足够的内存来运行 BLAST 超过那个大小的数据库。这是正确的吗？如果是这样，有没有办法在不使用更大内存的计算机的情况下运行这个 BLAST？如果不正确，我得到的错误是什么？

在此先感谢，尼克

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Fixed it by breaking the query file up in two and using blast 2.2.25 instead of 2.2.24

于 2011-10-02T20:39:20.427 回答