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我已经下载了一个非常大的 fasta 文件并建立了一个本地 BLAST 数据库。我正在尝试维护存储空间，想知道在本地 BLAST 数据库构建后是否可以删除输入的 fasta 文件？

我正在尝试从此页面中的 ap 元素中检索内容。如您所见，在源代码中有一段包含我想要的内容：

其实我想取状态的价值。这是我的PHP代码。

返回

["nodeValue"]=> 字符串(0) ""

任何想法 ？

谢谢！

我正在编写 matlab 代码，该代码应该遍历列表序列并一次爆炸。这是代码的相关部分：

对于某些 seq，它起作用了，然后最后它给了我这个错误消息：

请注意，我已将 ROTE 定义为“WaitTime”值，正如该函数文档中所建议的那样。

脚本必须迭代很多很多基因，所以我不能让它每 5 分钟崩溃一次！

我正在使用 Unus，它是用于系统发育分析的 Perl 包。在这个包中使用了blast-2.2.25，因为该包使用了formatdb程序，如下：

但是，有一个持续的错误消息阻止 Unus。

我检查了序列，它们没有零长度。Unus 正在运行 27 个黄单胞菌基因组。此外，输入序列是在 glimmer3 中使用提取程序后获得的。输入序列的示例是：

我可以做些什么来解决这个问题？或者我应该更改 Unus 使用 formatdb 的部分中的代码吗？最后，我之前用过带有 4 个志贺氏菌基因组的 Unus，它没有这个问题。

这并没有给我一个输出，虽然序列实际上是基因组的序列，所以我必须得到一个结果。错误在哪里？查询是否正确？

正如您在爆炸页面中看到的那样，当您尝试在有机体文本框中写一些东西时，例如“Zea”，会出现一个包含许多建议的下拉列表。

据我所知，此信息存储在 NCBI 服务器的某个位置，例如 json 文件。所以我想知道它是否有可能通过一种技术来检索这些数据并将其用于另一个文本框（具有相同的想法 - 下拉列表）以用于我正在处理的 Web 程序。

谢谢你。

我试图创建一个爆炸，当某个物体被击中时，附近半径内的物体也会被摧毁。例如，在破砖游戏中，球击中砖块，然后砖块爆炸，但也会在各个方向爆炸 2 个砖块。如何实现？任何帮助表示赞赏。

我正在处理在 NCBI BLAST 中生成的蛋白质-蛋白质相似性的大型数据集。我已将结果存储在一个大型成对矩阵 (25,000 x 25,000) 中，并且我正在使用多维缩放 (MDS) 来可视化数据。这些矩阵太大而无法在 RAM 中使用，因此我将它们以 HDF5 格式存储在磁盘上，并使用 h5py 模块访问它们。

sklearn 流形 MDS 方法为 3D 中的小规模数据生成了出色的可视化效果，这就是我目前使用的方法。对于计算，它需要一个完整的对称成对相异矩阵。但是，对于大型数据集，会形成一种“外壳”，从而掩盖已形成的集群。

我认为问题在于我需要输入一个完整的相异矩阵。有些蛋白质彼此不相关，但在成对相异矩阵中，我被迫输入相异的默认最大值。在 sklearn MDS 的文档中，它说值 0 被认为是缺失值，但是在我想要缺失值的地方输入 0 似乎不起作用。

有什么方法可以输入不完整的相异矩阵，因此不必输入不相关的蛋白质？还是有更好/更快的方法来可视化成对相异矩阵中的数据？

我想用不同的序列运行几个 BLAT 查询，然后对结果执行多序列比对。

如何使用 Python 运行这些 BLAT 查询？

我知道有一种方法可以使用 BLAST，但我不确定 BLAT。

我是第一次使用 Biopython。我有来自未知生物的序列数据，并试图使用 BLAST 来判断它们最有可能来自哪个生物。我编写了以下函数来做到这一点：

它工作正常，但需要大约 2 分钟来检索每个物种的有机体，这对我来说似乎很慢。我只是想知道我是否可以做得更好。我知道我可能会创建 NCBI 的本地副本以提高性能，我可能会这样做。但是，我怀疑先查询 BLAST，然后获取 id 并使用它来查询 Entrez 不是要走的路。您还有其他改进建议吗？
谢谢！