问题标签 [blast]

我编写了一个 PERL 程序，它采用一个 excel 表（通过将扩展名从 .xls 更改为 .txt 来转换为一个文本文件）和一个序列文件作为其输入。excel 表包含序列文件中需要剪切并提取到第三个输出文件中的区域的起点和终点（以及匹配区域两侧的 70 个侧翼值）。大约有 300 个值。该程序读取每次需要剪切的序列的起点和终点，但它反复告诉我该值超出了输入文件的长度，而显然不是。我似乎无法解决这个问题

这是程序

爆炸结果文件：http ://www.fileswap.com/dl/Ws7ehftejp/

序列文件：http ://www.fileswap.com/dl/lPwuGh2oKM/

错误

substr 在 Nucleotide_Extractor.pl 第 39 行的字符串之外。

在 Nucleotide_Extractor.pl 第 41 行使用未初始化值 $Nucleotides 替换 (s///)。

在连接 (.) 或 Nucleotide_Extractor.pl 第 44 行的字符串中使用未初始化的值 $Nucleotides。

非常感谢您的任何帮助，并始终邀请您提出疑问

我需要帮助来解析以下 blastp 输出以对齐 2 个序列：

这是我写的脚本。

两个问题。

首先，我们需要打印形成 XML hit_id、hit_len 和 hit_def 的爆炸结果。前两个很容易。但是 hit.def 和 def 是一样的。如何避免？

其次，我们需要在linux上运行程序。这个程序应该接受两个序列，一个是蛋白质，一个是核酸，通过使用可选参数。但我就是无法实现这个功能。

它应该在什么时候工作

最后一个是参数选项。我不明白为什么 python 在我写的时候不接受它

Python 总是选择“其他”

我需要找到一个或多个序列，它应该在 Fasta 中给出结果（命中），但在 Blast 中没有，反之亦然。

我有点迷路了。

搜索此序列时我应该寻找什么？

我需要找到使用 Blast 无法给出任何结果的 dna 或蛋白质序列（查询）。同时，当我将它放入 FASTA 工具时，它应该会给出结果。

我可以寻找什么？

我正在尝试运行 blastn，然后还独立运行 SIFT。但是，当我得到以下信息时，我遇到了数据库配置问题：

在其他线程的一些建议之后，我下载了一个蛋白质数据库，例如 swissprot：

然后使用makeblastdb创建一个blast数据库：

但我仍然遇到同样的问题。我究竟做错了什么？

我试图破译为什么在尝试使用 SIFT 时会出现分段错误。

我正在使用他们提供的测试 fasta 文件和替换文件。我正在使用 swissport 数据库，我可以在我的系统上成功地对其进行 BLAST。

这是我尝试使用 SIFT 时得到的结果：

在过去的两个小时里，我一直在尝试找到一些处理错误的源代码，但我没有成功。是否有人对 SIFT 分段错误有任何经验，或者能够将我指向源代码以便我可以看到出了什么问题？

非常感谢。

我在使用以下 python 脚本解析一些 xml BLAST 输出时遇到问题：

我尝试运行此脚本时遇到的错误如下：

有谁知道我可以做些什么来解决问题/脚本？

谢谢

我正在尝试使用多个fasta文件作为查询在本地运行blastp，使用此命令

我一直遇到这个错误消息：

我无法弄清楚我做错了什么。查询文件的格式正确，我可以肯定，因为我可以将它用作 ncbi 爆炸页面上的输入。输入文件是一个包含大约 200 个序列的多重 fasta 文件。

我正在尝试实现一个小脚本以自动化本地爆炸对齐。我已经在终端中运行了命令，它运行良好。但是，当我尝试将其自动化时，我收到一条消息，例如：Empty XML file。我们是否必须实现“系统”等待时间才能写入文件，或者我做错了什么？

编码 ：

我有一个错误：您的 XML 文件为空，并且 blast_records 对象不存在。我是不是把手弄错了？

我接受所有建议。非常感谢您的想法和帮助。

编辑：问题解决了，对不起这个无用的问题。我做错了句柄，我没有在正确的位置打开文件。与关闭相同的事情。对不起。