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我试图破译为什么在尝试使用 SIFT 时会出现分段错误。

我正在使用他们提供的测试 fasta 文件和替换文件。我正在使用 swissport 数据库，我可以在我的系统上成功地对其进行 BLAST。

这是我尝试使用 SIFT 时得到的结果：

arron@arron-Ideapad-Z570 ~/Phd/programs/sift4.0.3b $ bin/SIFT_for_submitting_fasta_seq.csh test/lacI.fasta db/swissprot.fa test/lacI.subst 2.75
tail is lacI.fasta
query is /home/arron/Phd/programs/sift4.0.3b/tmp/lacI.fasta.query
query length 360
entered read_psiblastuntillat
Segmentation fault
tell me i've entered
info_on_seqs
fawegwa
cannot open file /home/arron/Phd/programs/sift4.0.3b/tmp/lacI.alignedfasta 
Output in /home/arron/Phd/programs/sift4.0.3b/tmp/lacI.SIFTprediction

在过去的两个小时里，我一直在尝试找到一些处理错误的源代码，但我没有成功。是否有人对 SIFT 分段错误有任何经验，或者能够将我指向源代码以便我可以看到出了什么问题？

非常感谢。

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您使用这么旧版本的 SIFT 有什么原因吗？我认为最新版本是 5.2.1，您似乎使用的是 4.0.3b

我的猜测是您使用的是与旧版本 SIFT 不兼容的新版本 Blast。

sift 5.2 的发行说明说：

SIFT 5.2.0 发布。代码已更新以兼容更高版本的 BLAST（在 2.2.28+ 上测试）

所以我建议使用新版本的 SIFT 或旧版本的 blast，看看是否能解决问题。

于 2014-10-27T20:16:57.090 回答