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这是我写的脚本。

两个问题。

首先，我们需要打印形成 XML hit_id、hit_len 和 hit_def 的爆炸结果。前两个很容易。但是 hit.def 和 def 是一样的。如何避免？

其次，我们需要在linux上运行程序。这个程序应该接受两个序列，一个是蛋白质，一个是核酸，通过使用可选参数。但我就是无法实现这个功能。

它应该在什么时候工作

$ python my_program.py protein.fa tem.txt prot

最后一个是参数选项。我不明白为什么 python 在我写的时候不接受它

f=sys.argv[3]
f1=str(sys.argv[3])
if f1 is 'prot':
    function(filename,protflag=True)

Python 总是选择“其他”

# IMPORT
import sys
import subprocess
################################################################################
# FUNCTIONS
#execute BLAST, vailable type are protein and nuclien

    def run_blast(filename,protflag=True):
    """execute BLAST, vailable type are prot or na"""
        if protflag:
            subprocess.call(['blastp','-query','filename','-db','nr','-outfmt','5','-out','prot.xml'])
        else :
            subprocess.call(['blastn','-query','filename','-db','nt','-outfmt','5','-out','na.xml'])



    def read_XML(filename):
        """return hit_id length hit_def"""
        from Bio.Blast import NCBIXML
        name=str(filename)
        record=NCBIXML.read(open(name))
        for i in range(0,len(record.alignments)):
            hit=record.alignments[i]
            print 'hit_id'+hit.id+'\n'+'length'+hit.len+'\n'+'hit_def'+hit.def+'\n'#here is the problem .def


################################################################################
# MAIN


# write a function for the "main method"


    def main(filename=sys.argv[1],protflag=True):
        """excuate BLAST with file then return the hit_id, length and hit_def"""
        f=sys.argv[3]
        f1=str(f)
        if f is 'prot':
            run_blast(filename,True)
            read_XML("prot.xml")
        elif f is 'na':
            run_blast(filename,False)
            read_XML("prot.xml")
        else:
            print 'only prot and na available'


    if __name__ == '__main__':
        # defaults to reading the system, see above :)
        main()
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1 回答 1

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总是选择“else”子句，因为您使用“is”而不是“==”来检查 sys.argv[3] 的值。

从Python 中的 `==` 和 `is` 有区别吗？：

如果两个变量指向同一个对象，is 将返回 True，如果变量引用的对象相等，则 ==。

你应该使用

if f1 == 'prot':
于 2014-10-19T21:09:50.220 回答