我正在尝试实现一个小脚本以自动化本地爆炸对齐。我已经在终端中运行了命令，它运行良好。但是，当我尝试将其自动化时，我收到一条消息，例如：Empty XML file。我们是否必须实现“系统”等待时间才能写入文件，或者我做错了什么？
编码 ：
#sequence identifier as key, sequence as value.
for element in dictionnaryOfSequence:
#I make a little temporary fasta file because the blast command need a fasta file as input.
out_fasta = open("tmp.fasta", 'w')
query = ">" + element + "\n" + str(dictionnary[element])
out_fasta.write(query) # And I have this file with my sequence correctly filled
OUT_FASTA.CLOSE() # EDIT : It was out of my loop....
#Now the blast command, which works well in the terminal, I have my tmp.xml file well filled.
os.system("blastn -db reads.fasta -query tmp.fasta -out tmp.xml -outfmt 5 -max_target_seqs 5000")
#Parsing of the xml file.
handle = open("tmp.xml", 'r')
blast_records = NCBIXML.read(handle)
print blast_records
我有一个错误：您的 XML 文件为空，并且 blast_records 对象不存在。我是不是把手弄错了？
我接受所有建议。非常感谢您的想法和帮助。
编辑：问题解决了，对不起这个无用的问题。我做错了句柄，我没有在正确的位置打开文件。与关闭相同的事情。对不起。