4

我正在尝试运行 blastn，然后还独立运行 SIFT。但是，当我得到以下信息时，我遇到了数据库配置问题：

arron@arron-Ideapad-Z570 ~/Phd/programs/sift4.0.3b $ blastn -query test/lacI.fasta -db db/swissprot/
BLAST Database error: No alias or index file found for nucleotide database [db/swissprot/] in search path [/home/arron/Phd/programs/sift4.0.3b:::]

在其他线程的一些建议之后，我下载了一个蛋白质数据库，例如 swissprot：

wget ftp://ftp.ebi.ac.uk/pub/databases/fastafiles/uniprot/uniprotkb_swissprot.gz

zcat uniprotkb_swissprot.gz | awk '{if (/^>/) { print ">" $2} else { print $_}}' > swissprot.fa

然后使用makeblastdb创建一个blast数据库：

arron@arron-Ideapad-Z570 ~/Phd/programs/sift4.0.3b/db/swissprot $ makeblastdb -in swissprot.fa -dbtype prot

Building a new DB, current time: 10/27/2014 13:18:57
New DB name:   swissprot.fa
New DB title:  swissprot.fa
Sequence type: Protein
Keep Linkouts: T
Keep MBits: T
Maximum file size: 1073741824B
Adding sequences from FASTA; added 546439 sequences in 19.0039 seconds.

但我仍然遇到同样的问题。我究竟做错了什么？

4

2 回答 2

5

您列出了数据库文件所在的文件夹，而不是数据库本身。尝试：

blastn -query test/lacI.fasta -db db/swissprot/swissprot.fa

（当然，这也行不通，因为您正在尝试使用蛋白质数据库进行 blastn。您需要使用 blastx）

于 2014-11-27T12:59:20.277 回答
0

您可以尝试运行蛋白质爆炸，因为 swissprot 是蛋白质数据库，而 blastn 用于核苷酸序列

于 2020-12-08T16:59:29.203 回答