bioinformatics - 如何找到 Blast 不能给出任何结果但 FASTA 给出的序列？

Question

我需要找到使用 Blast 无法给出任何结果的 dna 或蛋白质序列（查询）。同时，当我将它放入 FASTA 工具时，它应该会给出结果。

我可以寻找什么？

Answer 1

FASTA 工具由 EMBL-EBI http://www.ebi.ac.uk/Tools/sss/fasta/推出，并使用 UniProt 数据库。NCBI 的 BLAST 工具使用了这里列出的一些数据库。UniProt 被誉为“通用蛋白质资源，蛋白质数据的中央存储库”（参见 Wikipedia 条目），它是通过结合 Swiss-Prot、TrEMBL 和 PIR-PSD 数据库创建的。从 BLAST 站点来看，TrEMBL 数据库似乎不包含在他们的存储库中，所以我会查找已加载到 TrEMBL 而不是其他数据库中的序列。