python - 使用 Biopython 通过 NCBI 运行 BLAT 搜索

Question

我想用不同的序列运行几个 BLAT 查询，然后对结果执行多序列比对。

如何使用 Python 运行这些 BLAT 查询？

我知道有一种方法可以使用 BLAST，但我不确定 BLAT。

Answer 1

• 如果你想在线使用 BLAT，没有Bio.Blast.NCBIWWW.
• 如果你想在本地使用 BLAT，没有这样的工具Bio.Blast.NCBIStandalone

好消息是您可以在本地安装 BLAT 并使用该subprocess库调用 BLAT，Biopython 提供了Bio.SearchIO.BlatIO解析输出的方法。或者您可以尝试将您的查询提交到 BLAT 的网站，并获取输出以在本地解析它。

但是，如果您是 python 新手，我认为第一个选择是简单的路径。