bioinformatics - 您可以使用 blastn 来检查精确匹配吗？

Question

我需要知道查询匹配了哪些主题以及在哪里匹配，并且该匹配必须是 100%。有没有办法使用blastall来做到这一点？

谢谢。

Answer 1

您不能将映射精度限制为 100%，但您可以使用-evalue参数增加 E 值的严格性，即使用非常小的 E 值。除此之外，要返回主题 ID 或入藏号以及映射坐标，您可以使用自定义输出格式，例如：

-outfmt "6 qacc sacc sseqid evalue qstart qend sstart send"

这将返回具有 8 列的表格格式的输出，其中：qacc是查询加入，sacc是主题加入，sseqid是主题 seq-id，evalue是对齐的 E 值，qstart并且qend是对齐的查询开始和结束映射坐标，sstart以及send对齐的主题开始和结束映射坐标。将它们放在一起作为示例blastn调用：

blastn -query /path/to/myquery.fasta -db /path/to/db -evalue 0.001 -out /path/to/myoutput.tsv -outfmt "6 qacc sacc sseqid evalue qstart qend sstart send"

blastn -help将为您提供有关自定义输出格式的更多选项。