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我在 apche2 服务器上运行一个本地爆炸程序......但它向我显示错误。 - - - - - - - - - - - 警告 - - - - - - - - - - -

味精：找不到爆破的路径

我的代码是..

 #!/usr/bin/perl
print "Content-type: text/html\n\n";
use Bio::Perl;
use Bio::Tools::Run::StandAloneBlast;
@params = ('database' => 'btaudb','outfile' => 'bla.out', 
        '_READMETHOD' => 'Blast', 'prog'=> 'blastn');

 $factory = Bio::Tools::Run::StandAloneBlast->new(@params);
 $str = Bio::SeqIO->new(-file=>'test_query.fa' , '-format' => 'Fasta' );
 $input = $str->next_seq();


 $factory->blastall($input);

当我在终端中运行相同的代码时，它工作正常......并显示 mw 正确的结果......请帮助我......如何在 apche2 服务器中运行本地 balst 程序......

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根据我的经验，该消息意味着您的路径中没有可用的“blastall”工具。也就是说，如果你在命令行输入“blastall -p blastn -d dbname -i input -o output”，就像正常用法一样，你的shell 会抱怨找不到blastall。

Blastall 界面似乎即将淘汰，如下所述：http: //www.ncbi.nlm.nih.gov/books/NBK1763/#CmdLineAppsManual.I43_Backwards_compatib。较新版本的 BLAST 仅安装了此包装脚本，并希望您继续使用 BLAST+ 界面。

我使用Bio::Tools::Run::StandAloneBlastPlus取得了成功。界面非常相似，如果您的代码库还不是很广泛，那么开始使用它应该相对简单。

于 2011-12-16T16:14:48.113 回答