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有人知道BLAST对齐的纯python实现吗？我正在尝试研究这个算法......

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事实上BLAST算法的完整实现是相当困难的。它有很多步骤和优化。你可以做的是：看看 O'Reilly 的 BLAST Book，以获得很好的解释，看看 NCBI Blast 代码库，它很大而且乍一看很难理解，或者，我建议你看看其他 BLAST 实现，或者可能是其他算法，如 BLAT 和 Genoogle (http://genoogle.pih.bio.br/)

于 2011-04-28T08:50:16.617 回答
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尝试研究 BioPython：

http://biopython.org/

http://github.com/JoaoRodrigues/biopython/tree/GSOC2010

于 2010-08-17T06:34:35.953 回答