1

我想

  1. BLAST 几个序列
  2. 从每个查询中检索前 100 个左右的命中
  3. 汇集下载的序列
  4. 删除重复项

我如何在 BioPython 中做到这一点？

4

2 回答 2

7 
 from Bio.Blast import NCBIWWW
    fasta_string = open("myfasta").read()
    result_handle = NCBIWWW.qblast("blastn", "nt", fasta_string)
    print result_handle.read()

myfasta 上方是您为 Internet BLAST 提供的自定义 seq 文件

您可以稍后根据需要使用 NCBIXML 使用 result_handle（即获得前 100 名，删除重复项）

于 2015-06-06T07:29:23.610 回答
4

当然可以 -本教程解释了如何在本地和使用 NCBI 运行 BLAST 以及如何解析结果。我将把实际的实现作为练习留给你！

于 2009-11-03T22:27:14.537 回答