cluster-computing - Running BLAST through XGrid

Question

Does anyone have any experience running BLAST with XGrid?

Googling reveals a tool called 'Xgrid BLAST' existed but not where to get.

Answer 1

BLAST 包含在 Xgrid 中。引用“使用 Xgrid 使用基于 Mac OS X 的计算机的本地网格”：

Xgrid 包括一个强大的、可定制的、通用的作业提交界面和 Xgrid BLAST，这是一个基于 Xgrid 技术的全功能、支持网格的应用程序，它运行 NCBI BLAST 局部对齐搜索算法工具的实例。

安装 Xgrid 后，您可以/Applications/Xgrid BLAST.app在任何客户端计算机上打开。

有关更多信息，请参阅：

• 犹他大学的Xgrid 安装文档。
• NACS Research Computing Support Group如何使用 Apple 的 xgrid 运行 BLAST 作业
• 爱丁堡大学进化生物学研究所 Blaxter 实验室的Xgrid 基础知识。它包括一个示例Perl 文件，用于向 Xgrid 提交 BLAST 作业。

最后提示，如果您对未来有任何与生物信息学相关的问题，有一个 StackOverflow 克隆专门针对生物信息学家，称为BioStars。你可能会在那里得到更快的答案。