问题标签 [ncbi]
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python - 使用 biopython 下载 genbank 文件时出现 socket.gaierror
我想使用 Biopython 和登录号列表从 NCBI 下载 genbank 文件（请注意，我使用电子邮件地址作为参数调用脚本，例如 python scriptName.py emailAddress）
当我运行脚本时，它会在出现错误之前（仅）部分下载第一个文件：
我还没有确定我的代码是否有错误，我选择的模块是否有问题（即使 Biopython 应该处理调用），我的连接是否有问题（我的工作阻塞和节流没有警告)，或者如果它是其他东西。
我尝试使用和不使用 urllib*/http* 模块运行它都无济于事（我得到了同样的错误）。但是，部分文件很有趣。直到最终序列的所有内容都被下载（最后有一个 contig 条目）。以下是下载文件的最后几行：
可以将其与原始 genbank 文件进行比较：http ://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/10955266/?report=genbank
我可以确认这不是与 DTD 文件相关的错误，但其他一切都可以解决。（NCBI 的新 RefSeq 版本与 Bio.Entrez.Parser 兼容？）
我在 CentOS Python 3.4.3 :: Anaconda 2.3.0 (64-bit) :: Biopython 1.66 上运行这个脚本
ftp - 从 ncbi 下载多个 fasta 文件
我正在尝试从 ncbi 下载与一种生物体相关的所有 fasta 文件。
我试图wget -r -l3 -A "*.fna.gz" ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/genomes/refseq/bacteria/Microcystis_aeruginosa/从第三级以下获取所有以 .fna.gz 结尾的文件，但它只是拒绝所有具有以下输出的内容：
删除了“ftp.ncbi.nlm.nih.gov/genomes/refseq/bacteria/Microcystis_aeruginosa/latest_assembly_versions/.listing”。拒绝“GCF_000010625.1_ASM1062v1”。拒绝“GCF_000307995.1_ASM30799v2”。拒绝“GCF_000312165.1_ASM31216v1”。拒绝“GCF_000312185.1_ASM31218v1”。拒绝“GCF_000312205.1_ASM31220v1”。拒绝“GCF_000312225.1_ASM31222v1”。拒绝“GCF_000312245.1_ASM31224v1”。拒绝“GCF_000312265.1_ASM31226v1”。拒绝“GCF_000312285.1_ASM31228v1”。拒绝“GCF_000312725.1_ASM31272v1”。拒绝“GCF_000330925.1_MicAerT1.0”。拒绝“GCF_000332585.1_MicAerD1.0”。拒绝“GCF_000412595.1_spc777-v1”。拒绝“GCF_000599945.1_Mic70051.0”。拒绝“GCF_000787675.1_ASM78767v1”。拒绝“GCF_000981785.1_ASM98178v1”。
关于它为什么拒绝这些目录的任何想法？谢谢你的帮助。
python - 通过使用 Entrez,Efetch 从分类数据库中搜索血统返回空结果
我使用 biopython 从分类数据库中搜索谱系信息，但它返回空！
我昨天（2016/3/15）可以使用它！但是现在我不能使用它（2016/03/16）！
我使用的代码在这里，
sequence - 如何在 biopython 中使用 Bioproject ID，例如 PRJNA12997？
我有一个 Excel 文件，其中给出了 2000 多个生物体，其中每个生物体都有一个相关的 Bioproject ID（如 PRJNA12997）。这个想法是使用这些 ID 来获取序列，以便稍后与我在文本文件中拥有的其他五个序列进行多重比对。
谁能帮我理解如何使用 biopython 做到这一点？至少具有生物项目 ID 的部分。
blast - Get database subject sequence with mismatches using NCBI command line blast
I am using Blast command line. The query (length 9) is ADZTZZETK, but when blasted against database sequence, it gives alignment of length 8 (ADZTZZET:ADZTZZET). It means that last, 9th, character of query sequence, K, is mis-matched with database sequence. However I still want to get the 9th mis-matched character of database sequence. Could someone tell me which option I should use in command line blast for that?
bioinformatics - 如何从出租车中获取王国、门、类、目、科、属和种的分类学特定 ID？
我有一个出租车清单，如下所示：
我希望从上面的taxids中按顺序获取带有分类ID的文件：
我正在使用包“ ete3 ”。我使用工具ete-ncbiquery告诉您来自上述 id 的血统。（我使用下面的命令从我的 linux 笔记本电脑上运行它）
结果如下所示：
我不知道哪些项目（IDS）对应于我正在寻找的（如果有的话）
python - 您可以使用 biopython 一次搜索多个数据库吗
我的任务是使用 NCBI 的 E-Utilties 检索过去 10 年每年提交的关于 Crispr/Cas9 系统的论文数量。我将如何一次搜索多个数据库？到目前为止我的代码：
python - 如何从python中的多个登录号从ncbi返回相应的fasta蛋白序列？
我在使用 python 脚本在文本文件中下载多个入藏号的 fasta 序列时遇到了一些困难。我可以为单个入藏号执行此操作，例如：
但是当我尝试给它一个文件作为列表（见下文）时，我得到了错误。
这是我的输入文件的外观示例：
我确信解决方案很简单，但我一直在阅读论坛、ncbi 帮助页面和 python 初学者书籍，却无处可去！提前致谢。
perl - 无法在 -e 第 1 行的未定义值上调用方法“登录”
这是我遇到的错误，我从名为 ncbi 的网站复制并粘贴了一组直接命令，这些命令是
我不知道要寻找什么，因为我不熟悉这些命令
编辑所以有些事情是由网站上的某个人修复的，但我仍在尝试输入
什么都没有发生，就像我只是输入“cat”一样，因为只发生了一个空行
python - Bio.Entrez EFetch 的替代方案，用于从 NCBI 下载全基因组序列
我的目标是从 NCBI 下载完整的后生动物基因组序列。我有我需要的基因组序列的唯一 ID 号列表。我计划使用 Bio.Entrez 模块 EFetch 下载数据，但今天通过 2011 年 11 月 2 日的发行说明 ( http://1.usa.gov/1TA5osg ) 了解到 EFetch 不支持“基因组”数据库。任何人都可以建议替代包/模块或其他方式吗？先感谢您！